当我从默认STAR参数更改对齐参数时，输出的bam文件会更改，但“ TranscriptomeSAM” .bam不会更改。
具体来说，当我添加
" --outFilterScoreMinOverLread 0 \
--outFilterMatchNminOverLread 0 \
--outFilterMatchNmin 20 \
--outFilterMismatchNoverLmax 0.05 "
“ TranscriptomeSAM” .bam不变。与基因组的比对与默认参数相比有显着变化。
有人可以解释为什么会这样吗？