TnT（Goloboff等，2008）如何分配内部节点标签？

Question

我已经使用了TnT v1.1（Goloboff等人，2008）来将同构形态从存在矩阵（PAM）分配到系统发育。 TnT不允许使用内部节点ID或分支长度，我需要将分支长度与TnT数据一起使用以进行统计分析。我有一个巨大的数据集（> 1000个分类单元），所以用手分配分支长度将很繁琐。 TnT基于数据文件中的第一个种类开始内部节点命名（例如，如果存在一个具有100个种类的数据文件，而黄曲霉是第一个种类，则A. flavus之前的节点标注为N101）。 TnT在其ASCII树中提供内部节点，但不在其输出newick树中提供内部节点。

有人知道我如何（a）获取TnT以打印出新树中的内部节点，或者我如何复制TnT命名过程，最好使用python（ete2 / ete3）？

TIA

Answer 1

只是偶然发现了您的帖子。

  

TnT不允许使用内部节点ID或分支长度

这在两个方面都是不正确的； TNT确实允许这些。在做出这样的声明之前，您应该确保已经仔细阅读并理解了程序的文档。

对于newick格式的分支长度（在树n上），请结合使用“ ttag”命令和“ blength”命令，然后是“ export”：

ttag- ;; ttag =; blength * n;导出>文件名;

ttag命令允许操作/串联树标签。例如。如果您将树标记设置为打开并打印显示节点编号的树（使用“ naked-”命令），则可以使用“ tsave * filename”（打开树文件）将标记保存到新树中。通过“保存*”（保存标签）：

naked-; ttag=; tplot n; tsav * con ; sav*;

所有这些都在TNT的在线帮助中进行了说明。

由于TNT还允许处理（通过脚本编写）分支长度，节点号等的值，因此您可能可以完成TNT本身所需的许多工作，而无需使用Python等。

对于内部节点编号，是的，TNT使用其自己的内部规则来确保对于相同进化枝，两个相同的树始终具有相同的编号。规则是：将根节点编号为T（分类单元数），然后从第一个分类单元开始向下编号节点（从T + 1开始，然后是T + 2，T + n，直到到达根）。移至下一个分类单元，并开始逐步向下进行根编号，直到找到根或已经为其分配了编号的节点为止。这样，您可以在需要的任何地方重现内部节点编号。