在我的snakemake工作流程中执行R脚本时遇到一些问题。似乎我的个人.Rprofile文件已加载到R脚本中。该作业在单个容器中运行，问题是我自动在我的R配置文件中加载了一些未安装在容器中的软件包。我当然可以通过编辑R配置文件来解决此问题，但是其他每个想要使用管道的人都必须做同样的事情，这是我不喜欢的。有人知道如何解决这个问题吗？
谢谢！
答案 0 :(得分：2)
您会发现import {Router, ActivatedRoute, Params} from '@angular/router';
import {OnInit, Component} from '@angular/core';
@Component({...})
export class MyComponent implements OnInit {
queryParamsStatus ='';
constructor(private activatedRoute: ActivatedRoute) {}
ngOnInit() {
// subscribe to router event
this.activatedRoute.params.subscribe((params: Params) => {
this.queryParamsStatus= params['status'];
console.log(queryParamsStatus );
});
let tempRows = this.rows.filter(s => s.staus === this.queryParamsStatus);
}
}
：
Rscript和$ Rscript
Usage: /path/to/Rscript [--options] [-e expr [-e expr2 ...] | file] [args]
--options accepted are
--no-environ Don't read the site and user environment files
--no-site-file Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file Don't read the user R profile
--vanilla Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
--no-init-file and --no-environ
有一些选项可以帮助您：
R（为简洁起见，省略了其他选项）
答案 1 :(得分：1)
正如@hrbrmstr所建议的那样，#include<iostream>
using namespace std;
int main()
{
int marks[5], i;
float sum=0,avg;
cout<<"\n Enter Marks of Student \n";
cout<<"------------------------------------";
cout<<"\n Quizzes : ";
cin>>marks[0];
cout<<"\n Labwork : ";
cin>>marks[1];
cout<<"\n Midterm : ";
cin>>marks[2];
cout<<"\n Final : ";
cin>>marks[3];
cout<<"\n Participation : ";
cin>>marks[4];
for(i=0;i<5;i++)
{
sum=sum+marks[i];
}
cout<<"------------------------------------";
cout<<"\n Total Marks of Student = "<<sum;
cout<<"\n Grade = ";
if(sum>80)
{
cout<<"A";
}
else if(sum>60 && sum<=80)
{
cout<<"B";
}
else if(sum>40 && sum<=60)
{
cout<<"C";
}
else
{
cout<<"D";
}
return 0;
}
是我要使用的参数。但是，我仍然找不到在将R脚本作为脚本运行的同时在snakemake中传递此参数的方法（其优点是可以在R环境中使用所有snakemake参数）。相反，我去了源代码并编辑了script.py文件--vanilla：
来自
.../lib/python3.6/site-packages/snakemake/script.py
到
shell("Rscript {f.name}", bench_record=bench_record)
现在可以使用。
干杯！