我无法解释（并避免）Matlab mex程序与没有Matlab接口的相应C程序之间的速度差异。我一直在分析数值分析程序：
int main(){
Well_optimized_code();
}
使用gcc 4.4针对Matlab-Mex等效编译（指向使用gcc44，这不是Matlab当前支持的版本，但出于其他原因需要）：
void mexFunction(int nlhs,mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){
Well_optimized_code(); //literally the exact same code
}
我执行了时间：
$ time ./C_version
VS
>> tic; mex_version(); toc
时间上的差异是惊人的。从命令行运行的版本平均需要5.8秒。 Matlab中的版本在21秒内运行。对于上下文，mex文件替换了SimBiology工具箱中的算法，该算法大约需要26秒才能运行。
与Matlab的算法相比，C和mex版本都使用对openMP的调用线性扩展到27个线程，但为了进行性能分析，这些调用已被禁用并注释掉。
这两个版本以相同的方式编译，但必要的标志除了编译为mex文件外：-fPIC --shared -lmex -DMATLAB_MEX_FILE在mex编译/链接中应用。我删除了对mex文件的左右参数的所有引用。也就是说它不需要输入，也没有输出，只是用于分析。
伟大而光荣的谷歌已告诉我，与位置无关的代码不应成为经济放缓的源头，除此之外我不知所措。
任何帮助将不胜感激，
安德鲁
答案 0 :(得分：14)
在Mathworks上与我的联系人发来一个月的电子邮件，玩弄我自己的代码，并在每个方向分析我的代码后，我得到了答案;然而，这可能是我对技术问题的最不满意的答案：
短版本是“升级到Matlab版本2011a（上周正式发布），此问题现已解决”。
较长的版本会考虑与版本2010b及更早版本中的mex网关相关的开销问题。我能够提取的最好的解释是，这个开销不会被评估一次，而是每次函数调用链接库中的另一个函数时我们都会支付一些费用。
虽然为什么会发生这种情况让我感到困惑，但至少与我所做的SHARK分析一致。当我分析和比较本机应用程序和mex应用程序之间的差异时，会出现重复出现的模式。我为应用程序编写的源代码中的函数花费的时间不会改变。在本机和mex实现之间进行比较时，在库函数中花费的时间会略微增加。用于构建此库的另一个库中的函数会大大增加差异。随着我们进行深入研究，时间差继续增加，直到我们通过BLAS实施达到目标。
一些使用频繁的BLAS功能是罪魁祸首。在本机应用程序中花费大约1％的计算时间的函数在mex函数中的时间为30％。
mex网关的实施似乎在2010b和2011a之间发生了变化。在我的Macbook上，本机应用程序大约需要6秒，而mex版本需要6.5秒。这是我可以处理的开销。
至于根本原因，我只能推测。 Matlab的根源在于解释性编码。由于mex函数是动态库，我猜测每个mex库都没有意识到它在运行时被链接的内容。由于Matlab建议用户很少使用mex，然后仅用于小型计算密集型块，我认为很少实现大型程序（例如ODE求解器）。像我这样的程序是受害最深的程序。
我已经分析了几个Matlab函数，我知道这些函数在C中实现然后使用mex编译（特别是在动力学模型上调用sbioaccelerate之后的sbiosimulate，SimBiology工具箱的一部分）并且似乎有一些显着的加速。因此，2011a更新似乎比通常的半年升级更为广泛。
对于遇到类似问题的其他程序员来说，祝你好运。感谢所有有用的建议让我开始朝着正确的方向前进。
- 安德鲁
答案 1 :(得分：3)
回想一下，Matlab将数组存储为列主要，将C / C ++存储为行主要。您的循环结构/算法是否可能以主要方式迭代，导致Matlab中的内存访问时间不佳，但C / C ++中的访问时间很短？