我正在使用R形态计量学软件包“ geomorph”分析两种植物的花瓣形状以及它们之间的杂种。我使用TPSdig来创建曲线,勾勒出每株植物三个不同的花瓣。当我将曲线导入R(将曲线点附加到固定的地标上)时,我正在创建PCA图,以了解两种物种和杂种之间的花瓣形状有何不同。
就目前而言,每条花瓣曲线都有其自己的PC得分,然后将其绘制为单独的点(因此,每株植物有3个点)。我想取三个花瓣的平均值,以便PCA中的每个点代表一棵植物(三个花瓣的平均值)。
到目前为止,我唯一的解决方案是导出PC分数,将其在Excel中取平均值,然后导入R并使用ggplot2绘制PC1 / PC2,但是如果有一种方法可以在“ geomorph”中实现, ,这样我便可以轻松算出哪一点代表哪一棵植物并产生细小的样条网格。
理想情况下,我将得到主成分空间中所有平均植物的图和四个细样条网格,这些样条网格显示与水平轴和垂直轴的正负两端相关的形状。
如果需要,我可以提供我的代码。
谢谢!