Question

我正在尝试使用以下查询同时提取有关2个基因的信息：

BASE <http://www.southgreen.fr/agrold/>
PREFIX rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX vocab:<vocabulary/>

SELECT DISTINCT ?gene ?gene_lbl ?pathway 
WHERE{
  VALUES ?gene {<http://identifiers.org/ensembl.plant/BGIOSGA000040>
                <http://identifiers.org/ensembl.plant/Sb01g003700.1>}
  {
    GRAPH ?graph1{
          OPTIONAL{?gene rdfs:label ?gene_lbl.}
    }
  }
  UNION
  {
    GRAPH ?graph2{
          OPTIONAL{?gene vocab:is_agent_in ?pathway.}
    }
  }
}

但是它给了我以下错误：

Virtuoso 37000错误SP031：SPARQL编译器：内部错误：sparp_gp_attach_filter_cbk（）：尝试附加具有使用变量的过滤器

当我仅使用一个基因运行它或删除OPTIONAL关键字时，它就可以正常工作，有人可以向我解释这种现象的原因吗？

端点Virtuoso版本：07.10.3211

编辑：

部分复杂性是由于它只是更大查询的示例。

@TallTed，谢谢您的回答，当我应用您提出的方法来提取更多信息时，我没有得到想要的结果。例如in this example基因OB12G15100编码一种蛋白质，但据我所知，除非I comment the OPTIONAL of gene_lbl是gene_lbl是可选的，否则它不会出现在结果中它可以被忽略，因此显示了其余查询的结果，但没有这样做，我也不知道为什么。

请原谅我缺乏知识。

Answer 1

我认为应该鼓励您的目标端点（现在为running a 3 year old version）升级到current Virtuoso Open Source Edition, 07.20.3229 a/k/a 7.2.5.1。请注意，your original query和my revision都在LOD云缓存上执行时没有错误（该缓存缺少AgroLD中的某些数据，因此它们无法提供所需的结果）。

也就是说，我认为您的原始查询不必要地复杂。请注意，this revision gets results from AgroLD with no problem-

BASE <http://www.southgreen.fr/agrold/>
PREFIX rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX vocab:<vocabulary/>

SELECT DISTINCT ?gene ?gene_lbl ?pathway 
WHERE
  {
    VALUES ?gene { <http://identifiers.org/ensembl.plant/BGIOSGA000040> 
                   <http://identifiers.org/ensembl.plant/Sb01g003700.1> }
    OPTIONAL{ ?gene  rdfs:label  ?gene_lbl }
    OPTIONAL{ ?gene  vocab:is_agent_in  ?pathway }
}

SPARQL错误尝试使用已使用的变量

1 个答案: