R Flexsurv-估计生存函数

时间:2018-08-24 09:17:45

标签: r extrapolation survival

我有一条生存kapplan-Meier曲线,我想使用flexsurv包推断不同的模型曲线(例如Weibull,Gompertz等)。我已经成功进行了推断,但是找不到用于创建推断图矩阵的解决方案。

library(survival)
library(flexsurv)
kmsurvival <- survfit (Surv(time, status) ~ 1, data=lung)
summary(kmsurvival)
plot(kmsurvival, xlab="Time", ylab="Survival probability")
Gompertz<-flexsurvreg(Surv(time, status)~1, data=lung, dist="gompertz")
plot(Gompertz)

我想创建KM生存曲线和曲线的外推输出。

例如KM曲线(第20个时间点):

v1 <- rep(NA,20)
v2<-1:20
for(i in 1:20){
v1[i] <- summary(kmsurvival, i)$surv
i=i+1
}
m1KM<-data.frame(v2,v1)

我想对Gompertz外推法做同样的事情,但是我无法访问每个时间点应用此曲线的结果。 有帮助吗??? 谢谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您可以在摘要的est列中访问Gompertz的预测值:

m1G <- summary(Gompertz)[[1]]
plot(est~time, data=m1G)

enter image description here

如果您需要在不同于原始数据的时间点计算函数,则可以使用

t <- 0:1000
summary(Gompertz, t=t)[[1]][,"est"]