Question

是否可以通过snakemake中的特定规则来限制要运行的作业数量？ --jobs可以控制一次允许运行多少个作业，但是我想通过一个特定的规则来限制。

这是因为，我有一个特定的规则，该规则最多可以同时用于两个作业。但是，如果将--jobs设置为20，则会导致该特定规则中的工具崩溃。我在LSF群集中使用了snakemake v5.2.0。

Answer 1

您可能会使用资源。

按规则定义它们

rule only_two:
    ...
    resources:
        load=50
    ...

，然后在特定资源限制下运行snakemake。

snakemake --resources load=100

它仅应运行规则only_two的两个实例。

所有其他规则的load值可能小于或等于1，并且您可以同时运行100个或更多。