Question

我知道我遇到的问题是线程安全问题。正如我现在所拥有的代码，将使用“ seThreadOptions（1）”执行。我的问题是克服这种情况的最佳做法。

我知道这一点：Threadsafe function pointer with Rcpp and RcppParallel via std::shared_ptr将以某种方式发挥作用。而且我也一直在思考/试着让内部函数成为并行工作者的结构的一部分。实际上，我在调用两个内部函数，我希望一个是可变的，另一个是恒定的，这使我认为我将需要两个解决方案。

错误是rstudio中的R会话崩溃。这里需要注意的两件事： 1.如果我“ setThreadOptions（1）”可以正常运行。 2.如果我将“ myfunc”移动到主cpp文件中并简单地进行调用“ myfunc”，则此操作也很好。

这是一个详细的示例：

第一个cpp文件：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::interfaces(cpp)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
#include "RcppArmadillo.h"
using namespace arma;
using namespace std;

// [[Rcpp::export]]
double myfunc(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

第二个cpp文件：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
// [[Rcpp::depends(ParallelExample)]]

#include "RcppArmadillo.h"
#include "RcppParallel.h"
#include "ParallelExample.h"
#include <random>
#include <memory>
#include <math.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;
using namespace RcppParallel;
using namespace std;

struct PARALLEL_WORKER : public Worker{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    // Create a loop that runs through a selected section of the total Boot_reps
    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ParallelExample::myfunc(index);
  }
}

};

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  PARALLEL_WORKER  parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}

Makevars，因为我使用的是Macintosh：

CXX_STD = CXX11

PKG_CXXFLAGS +=  -I../inst/include

和命名空间：

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(Rcpp, evalCpp)
importFrom(RcppParallel,RcppParallelLibs)
useDynLib(ParallelExample, .registration = TRUE)

export(Parallelfunc)

Answer 1

调用ParallelExample::myfunc时，您正在调用inst/include/ParallelExample_RcppExport.h中定义的使用R API的函数。这是在平行上下文中绝对不能做的事情。我看到两种可能性：

将myfunc转换为仅标头并将其包含在int/include/ParallelExample.h中。
如果第二个cpp文件位于同一软件包中，则将myfunc的适当声明放入src/first.h中，将该文件同时包含在src/first.cpp和src/second.cpp中，然后调用myfunc，而不是ParallelExample::myfunc。毕竟，如果您只想在同一程序包中调用函数，则不必向R注册函数。使用R注册是用于从外部调用的函数。

Answer 2

在某种程度上，这有点违反了Rcpp的内置接口cpp功能的目的。

首先，将cpp保存为“ ExampleInternal.h”：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
#include "RcppArmadillo.h"
using namespace arma;
using namespace std;

namespace ExampleInternal
{

  double myfunc3(arma::vec vec_in){

    int Len = arma::size(vec_in)[0];
    return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
  }


}

第二：

#include "ParallelExample.h"
#include "ExampleInternal.h"
#include <random>
#include <memory>
#include <math.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;
using namespace RcppParallel;
using namespace ExampleInternal;
using namespace std;

struct PARALLEL_WORKER : public Worker{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    // Create a loop that runs through a selected section of the total Boot_reps
    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ExampleInternal::myfunc3(index);
  }
}

};

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  PARALLEL_WORKER  parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}

在公共工作人员中调用“ mypackage”功能

2 个答案: