Question

最近，我参加了Siraj Raval在Linkedin上发起的 ＃100daysofmlcode 挑战。我在R中进行所有编码。但是，当我在Github上为我的rcode推送RMarkdown文件或自述文件时，它不会显示从代码生成的输出。这使得观看者很难跟上解释。有没有一种方法可以显示代码和输出，从而使读者更容易理解？我知道他们可以从github提取我所做的更改，并在本地计算机上查看它们。但是考虑到每个人的时间限制，我仍然想知道是否有一种方法可以在github上的自述文件中同时显示Rcode和输出。

谢谢

Answer 1

在markdown中，对内联代码使用``，对代码块（多行）使用``````

Answer 2

GitHub只是一台服务器，它无法处理您的Rmarkdown文件。两种策略是：

调用文件README.Rmd，然后在其上运行render()，以生成一个包含输出的README.md文件，并将两者都推送到GitHub。
设置Travis-CI之类的持续集成服务，并指示其呈现自述文件并将结果推回到GitHub。

从技术设置的角度来看，第一个选项是最简单的-您只需render()。

第二个选项更方便，但是需要在仓库中进行一些设置，配置Travis以进行构建（但不能基于自己的提交进行构建），并在Travis上设置凭据以将其推回GitHub。为此，您需要一个.travis.yml文件，其外观类似于：

language: r
script:
  - bash renderreadme.sh

在您的仓库中还有一个名为renderreadme.sh的bash脚本文件：

#!/bin/bash
set -o errexit -o nounset
renderreadme(){
  ## Set up Repo parameters
  git init
  git config user.name "your_github_username"
  git config user.email "your_email@example.com"
  git config --global push.default simple

  ## Get drat repo
  git remote add upstream "https://$GH_TOKEN@github.com/$TRAVIS_REPO_SLUG.git"
  git fetch upstream
  git checkout master

  Rscript -e 'rmarkdown::render("README.Rmd")'

  git add README.md
  git commit -m "knit README [skip ci]"
  git push
}
renderreadme

您将需要使用the travis client（或类似方法）来存储脚本中的git push操作成功所需的安全GitHub凭据。 "Building an R Project"中有关Travis的一般指南将对这些一般配置方面很有用。

是否可以在github上放置R代码的自述文件，以显示输出？

2 个答案: