根据此描述：http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/help_annotations.jsp#overlap
我想根据以下条件填充k，K，n，N：
k is the number of genes in the intersection of the query set with a set from MSigDB
K is the number of genes in the set from MSigDB
N is the total number of gene universe (all known human gene symbols)
n is the number of genes in the query set
我的示例数据来自代码：
Nr. Gene Sets in Collections (K): 5924
Nr. Overlaps (k): 5
Nr. Genes in Universe (N): 45956
Nr. of Genes in query set n: 31736
如果您单击链接（http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/gene_families.jsp），然后在第一行的“肿瘤抑制器”图上将您转发到新站点，您可以在其中选择“ C1，C2，C3”计算重叠部分，然后计算p值。 或者，您可以使用https://keisan.casio.com/exec/system/1180573201。
我尝试了不同的情况：
np.random.hypergeometric(k-1,N,K,n)
> array([0, 1, 1, ..., 0, 0, 0])
np.random.hypergeometric(k-1,n, N, K)
> *** ValueError: ngood + nbad < nsample
np.random.hypergeometric(k-1, n-k, K, size=N)
> [0 1 0 ... 1 0 0]
有人可以告诉我，如何根据上面的描述正确填写np.random.hypergeometric(k-1,n, N, K)吗？
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我发现我使用了错误的功能。这将是更好的选择：