Question

我想在带有CMake的项目中使用HDF5 C ++绑定。所以我照常做：

find_package (HDF5 REQUIRED COMPONENTS CXX)
target_link_libraries(foo PUBLIC ${HDF5_LIBRARIES})
target_include_directories(foo PUBLIC ${HDF5_INCLUDE_DIRS})

在升级集群（HPC）之前，此方法一直有效。现在在链接过程中出现错误：

function MPI::Win::Set_name(char const*): error: undefined reference to 'MPI_Win_set_name'
function MPI::Win::Set_attr(int, void const*): error: undefined reference to 'MPI_Win_set_attr'

尽管HDF5的版本没有更改，但新版本似乎需要与MPI链接，而CMake不会自动告诉我/这样做。

我错过了什么吗？设置HDF5_IS_PARALLEL时，CMake FindHDF5模块是否有缺陷？是否需要我手动链接到MPI？我现在怎么可能需要将 MY 应用程序链接到MPI？

我做了一些检查：

ldd显示libmpi
我的应用程序在两个系统上都没有-lmpi
两者均使用HDF5 1.10.1，两者均针对具有GCC 6.4.0的OpenMPI 2.1.2构建
mpicxx -show显示了不同的输出：新的包含-lmpi_cxx，旧的不包含。
h5c++ -show似乎是相同的（当然还有其他一些路径）

Answer 1

TL＆DR：当HDF_IS_PARALLEL为true时，即使不使用MPI，也需要链接到MPI。
HDF5编译器包装器调用MPI编译器包装器，该包装器将自动添加该包装器，但CMake模块不遵循此路径。进一步阅读我如何发现可能会解决类似问题的信息。

我找到了解决方案，方法是将调用的编译器命令隔离到最低限度。使用grep，我已经在cpp源文件的目标文件中找到对MPI_*的引用。这样就消除了与链接的库建立关系的可能性，因此仅包含中的差异是可能的。我将新旧HDF5包含目录与diff -qr进行了比较，发现它们是相同的。
确保是标题，我检查了预处理的文件（g++ -E）。经过一些额外的步骤，我将新旧版本与vimdiff进行了比较（替换后的标头包括从旧系统更改为新系统的路径，以使混乱降至最低）。搜索mpi时，我发现唯一的区别在于包含在mpi_cxx中。这是通过mpi.h完成的，它也可以从预处理输出中轻松看到。
检查两个系统上的MPI安装是否已确认，是否已建立了新的mpi_cxx支持（在MPI2中添加了MPI的C ++绑定，在MPI3中删除了MPI，但看起来仍然可选），而旧版本则没有。

由于C头仅具有声明，因此引用不位于源中，但是C ++绑定具有定义。这导致引用降落在目标文件中，并且以后在链接期间无法解析。

我发现的所有内容都是“并行HDF5 IO需要MPI”，但与CMake无关。 https://www.hdfgroup.org/HDF5/release/cmakebuild.html对此也很稀疏，没有提到HDF5_IS_PARALLEL（他们确实提到他们没有提供该find模块）。

鉴于此，我最终添加了一个接口目标，从hdf5设置了包含和库，检查HDF_IS_PARALLEL并将mpi包含和库添加到该目标。

在CMake中使用串行HDF5 C ++

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