Geomorph R分组变量

时间:2018-07-27 12:43:20

标签: r tps

我正在使用r上的geomorph软件包运行一些PC分析,并试图了解如何对标本进行分组。我的标本按周(第1周,第5周和第10周)分组,我试图确认我的代码确实正确并且对标本进行了正确分组。我使用了来自cran文件的各种编码技巧,以及另一个有关geomorph的快速指南。

基本上,我所做的是创建一个csv文件,其中每个标本的编号都与它们在TPS文件中的顺序以及它们来自的星期相对应。我的PC绘图似乎正确,但我想确认R确实在正确读取我的csv文件。我对R还是比较陌生,因此我希望对某些更好的代码进行确认或建议,以确保第1周的点确实代表第1周的样本。我已附上一张csv文件的照片片段,以了解外观(堆栈溢出的新问题,并且不确定显示此内容的最佳方法是什么)Example CSV。任何输入将不胜感激,以确认我的代码是正确的,或者建议一种更好的方式来编码带有tps文件和geomorph的分组变量。

setwd("/Users/tritz/Desktop/Analysis")
GP <- read.csv("W1w5w10.csv", header=T, row.names=1)
is.factor(GP$Week)
lands <- readland.tps(file.choose())
#My tps file is standard tps file, with specimen number corresponding to 
#their order in this file 
gpa.lands <-gpagen(lands)
View(gpa.lands)
plotAllSpecimens(lands)
gpagen(lands)
pca.lands <- plotTangentSpace(gpa.lands$coords, legend=TRUE, groups = 
GP$Week)
View(pca.lands)

POST EDIT:我要询问的特定代码

GP <- read.csv("W1w5w10.csv", header=T, row.names=1)
is.factor(GP$Week)
#This code links my csv file and I am unsure if it is reading correctly
pca.lands <- plotTangentSpace(gpa.lands$coords, legend=TRUE, groups = 
GP$Week)
#here is where I generated my PC plot and linked my groups with the week 
#factor in my csv

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