Question

我在Windows 7上运行R-3.5.0和RStudio 1.1.423。我必须对这两个程序都使用公司安装程序，因此我没有下载安装程序.exe文件，而且限于安装最新的该软件的版本。

我正在尝试使用Bioconductor项目FlowCore和ggcyto软件包来绘制流式细胞仪事件。在开始时，它的效果很好，但是最近（而且我什至不知道是否更改了任何内容）都无法使用自动绘图来绘制流图。这是来自ggcyto文档的示例：

library(flowCore)
library(ggcyto)
data(GvHD)
fs <- GvHD[subset(pData(GvHD), Patient %in%5:7 & Visit %in% c(5:6))[["name"]]]
autoplot(fs, x = "SSC-H")

结果

Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'ggplot.data.frame' not found

我注意到了一件奇怪的事情：我无法将stringi软件包更新到最新的（我相信是1.2.3）版本，只能更新到1.1.7。

在此线程中建议使用：R gives strange error with ggplot2 expression: object 'rversion' not found 这是一个RStudio问题。但是，当在没有RStudio的R控制台中运行相同的代码时，会出现相同的错误消息。

非常感谢您的帮助！

Answer 1

我找到了问题的根源。显然我必须已经更新了我的软件包，而最新的ggplot2版本与ggcyto软件包之间的交互作用不是很好。

将ggplot2降级到2.2.1版已修复了该问题。

Answer 2

我今天运行最新的R二进制文件和Rstudio版本时遇到了完全相同的问题。我最终使用了包“ flowViz”和函数：flowplot（）来获得与FlowCore Vignette中使用的“ ggcyto”包的autoplot（）函数基本相同的结果（只是没有装箱）。我希望这会有所帮助。

Answer 3

我很高兴地报告说，在最近的R / BioC环境中，该操作不再失败：

sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS: /n/apps/CentOS7/install/r-3.5.2/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /n/apps/CentOS7/install/r-3.5.2/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggcyto_1.10.2             flowWorkspace_3.30.2      ncdfFlow_2.28.1           BH_1.69.0-1               RcppArmadillo_0.9.400.3.0 ggplot2_3.1.1             flowCore_1.48.1           usethis_1.5.0             devtools_2.0.2           

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.1          mvtnorm_1.0-10      lattice_0.20-38     corpcor_1.6.9       prettyunits_1.0.2   ps_1.3.0            assertthat_0.2.1    rprojroot_1.3-2     digest_0.6.18       R6_2.4.0            plyr_1.8.4          backports_1.1.4     stats4_3.5.2        pcaPP_1.9-73        pillar_1.4.0        zlibbioc_1.28.0     rlang_0.3.4         lazyeval_0.2.2      data.table_1.12.2   Rgraphviz_2.26.0    callr_3.2.0         hexbin_1.27.3       labeling_0.3        desc_1.2.0          stringr_1.4.0       munsell_0.5.0       compiler_3.5.2      pkgconfig_2.0.2     BiocGenerics_0.28.0
[30] pkgbuild_1.0.3      IDPmisc_1.1.19      tidyselect_0.2.5    gridExtra_2.3       tibble_2.1.1        matrixStats_0.54.0  XML_3.98-1.19       flowViz_1.46.1      rrcov_1.4-7         crayon_1.3.4        dplyr_0.8.1         withr_2.1.2         MASS_7.3-51.4       grid_3.5.2          gtable_0.3.0        magrittr_1.5        scales_1.0.0        graph_1.60.0        KernSmooth_2.23-15  stringi_1.4.3       cli_1.1.0           fs_1.3.1            remotes_2.0.4       testthat_2.1.1      latticeExtra_0.6-28 robustbase_0.93-5   RColorBrewer_1.1-2  tools_3.5.2         Biobase_2.42.0     
[59] glue_1.3.1          DEoptimR_1.0-8      purrr_0.3.2         processx_3.3.1      pkgload_1.0.2       parallel_3.5.2      colorspace_1.4-1    cluster_2.0.9       sessioninfo_1.1.1   memoise_1.1.0

使用ggcyto（Bioconductor）软件包时的自动绘图错误：找不到“ ggplot.data.frame”

3 个答案: