snakemake中带有空格的文件

Question

我正在尝试在蛇文件中运行命令smart_open。我尝试过

myconversion 'my input file.xlsx' 'my output file.xlsx'

但是，这不起作用。我收到Python错误

input:
    "my input file.xlsx"
output:
    "my output file.xlsx"
shell:
    "myconversion {input:q} {output:q}"

我在做什么错了？

Answer 1

问题出在您的shell命令上，而不是snakemake。对于CLI工具，您需要在引号中指定文件名。

rule asd:
    input:
        "my input file.xlsx"
    output:
        "my output file.xlsx"
    shell:
        'cat "{input}" "{output}"'