预处理后将多个目录图像保存在单个文件中

Question

我正在处理DICOM图像，我有5个扫描（文件夹），每个扫描包含多个图像，在对图像进行一些预处理之后，我想使用“ np.save”将处理后的图像保存在单个文件中，下面的代码将每个文件夹保存在一个单独的文件中：

data_path = 'E:/jupyter/test/LIDC-IDRI/'
patients_data = os.listdir(data_path)
for pd in range(len(patients_data)):
    full_path = load_scan(data_path + patients_data[pd])
    after_pixel_hu = get_pixels_hu(full_path)
    after_resample, spacing = resample(after_pixel_hu, full_path, [1,1,1])
    np.save(output_path + "images_of_%s_patient.npy" % (patients_data[pd]), after_resample)

load_scan是用于加载（读取）DICOM文件的功能，我要用此代码执行的操作是将所有处理后的图像保存在一个文件中，而不是五个文件中，有人可以告诉我该怎么做吗？

Answer 1

首先要注意的是，您将%s与patients_data[pd]一起使用。我假设patients_data是患者姓名的列表，这意味着您正在为每个患者构建不同的输出路径-您正在要求numpy将每个处理过的图像保存到新位置。

第二，.npy可能不是您要使用的文件类型，因为它是does not handle appending data。您可能想选择其他文件类型，然后每次np.save()到相同的文件路径。

编辑：关于文件类型，在you can make each of your images a separate page处，pdf可能是您的最佳选择。