Question

我正在尝试将Snakemake与奇点结合使用，并且我注意到，使用奇点时，简单的awk命令不再起作用。最后一行中的$1被bash代替，而不是awk用作第一字段。

这是一个最小的工作示例（ Snakefile ）：

singularity: "docker://debian:stretch"
rule all:
    input: "test.txt"
rule test:
    output: 
        "test.txt"
    shell:
        "cat /etc/passwd | awk -F':' '{{print $1}}' > {output}"

当我运行snakemake时没有出现奇异之处时，输出test.txt看起来像预期的那样（仅包含用户名）。当我运行snakemake --use-singularity时，文件包含整行，例如root:x:0:0:root:/root:/bin/bash。

这是Snakemake的日志：

$ snakemake --use-singularity --printshellcmd                                                                                                               
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
        count   jobs
        1       all
        1       test
        2

rule test:
    output: test.txt
    jobid: 1

cat /etc/passwd | awk -F':' '{print $1}' > test.txt
Activating singularity image /scratch/test/.snakemake/singularity/fa9c8c7220ff16e314142a5d78ad6cff.simg
Finished job 1.
1 of 2 steps (50%) done

localrule all:
    input: test.txt
    jobid: 0

Finished job 0.
2 of 2 steps (100%) done

Answer 1

我遇到了类似的问题，经过大量的反复试验终于解决了它。当前（2018年11月，对于Snakemake 5.3），此文件尚未记录，因此我认为最好将其放在此处以供将来参考以帮助他人...

以上所有示例在bash -c上均错误地使用了双引号，而Snakemake并非如此。取而代之的是，Snakemake使用bash -c ' modified_command '来调用奇点，因此使用单引号。首先，这改变了命令中特殊字符的处理方式。其次，到目前为止，Snakemake会将实际命令中的所有单引号替换为转义版本\'。但是，仅当与奇点一起使用时才适用。

因此，如果您的命令包含单引号，则使用--use-singularity提交时或在正常模式下运行时，事情都会中断。我知道在这两种情况下都有效的唯一可行解决方案如下：

shell: """awk "{{OFS="\\t"}};{{print \$2}}" {input}"""

因此，以下规则适用：

请勿在命令中使用单引号，否则会将其替换，否则会导致错误。
转义某些字符，例如\ t到\\ t，$到\ $和{到{{。
使用三引号引起来的命令行调用。

我希望这会有所帮助，一旦实现更新，我将更新此帖子。

Answer 2

我尝试了您的示例，它在最新的Snakemake版本5.1.4中运行良好。更新到最新版本后，您确定这仍然是您的问题吗？

Answer 3

与$一起运行时，{@ {1}}必须转义。

bash -c

将您的snakemake代码更改为：

$ bash -c "cat temp.tab | awk '{if (\$1==1) print;}' " | head -2
1       26554252        26554595        1       1 
1       156246251       156246680       2       2  

$ bash -c "cat temp.tab | awk '{if ($1==1) print;}' " | head -2
awk: cmd. line:1: {if (==1) print;}
awk: cmd. line:1:      ^ syntax error

awk命令在snakemake --use-singularity中失败

3 个答案: