Question

我正在尝试使用Snakemake的新功能自动生成报告here。我得到RST文件应该在工作流程执行之前创建，并且相对于Snakefile位置（也就是说，不是workdir位置）。

由于我的Snakefile位于workdir的子目录中，因此我定义了RST文件：

report: "../../../../results/reports/peak-calling_workflow.rst"

虽然文件确实存在，但我遇到了“没有这样的文件或目录”问题：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/rioualen/miniconda3/lib/python3.5/site-packages/snakemake/__init__.py", line 541, in snakemake
    report=report)
  File "/home/rioualen/miniconda3/lib/python3.5/site-packages/snakemake/workflow.py", line 495, in execute
    auto_report(dag, report)
  File "/home/rioualen/miniconda3/lib/python3.5/site-packages/snakemake/report/__init__.py", line 374, in auto_report
    with open(dag.workflow.report_text) as f:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/rioualen/ChIP-seq_GSE20870/SnakeChunks/scripts/snakefiles/workflows/../../../../results/reports/peak-calling_workflow.rst'

知道我应该怎么处理这个问题吗？

谢谢！

使用Snakemake生成报告时出现“没有此类文件或目录”错误

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