Question

我正在尝试为函数和图形运行for循环。我有不同的向量（特征）我从数据运行。我想通过名为i的for循环运行每个特征，并将每个结果输出到具有相应特征名称的单独文件中，因此我只需要运行一次命令而不是9次。应调用该文件（“bristleX trait 1.txt”，“bristleX trait 2.txt”，...，“bristleX trait i.txt”）同样也与.pdf命令相同。（“bristleX trait 1.pdf”，“bristleX trait 2.pdf”，...，“bristleX trait i.pdf”）我在接收器和pdf函数方面遇到了麻烦;它们不会使用paste（）函数输出与常规标题或名称相同的内容。在特征中使用i的函数只需要数字1到9即可工作，但一次只能执行一个。

  library(qtl)
  data("bristleX")
    traits<-c(1:9)
    for(i in traits){
      sink(paste(file="bristleX trait",i".txt"))
      pdf(paste(file = "brixtleX trait",i".pdf", paper="special",width = 8.5, 
      height = 11, 
          family="Times", pointsize=11,bg="white",fg="black"))
      print("MR QTLs")

      out.mr <- scanone(bristleX, pheno.col=i, method="mr") # estimate LOD 
      #for a single phenotype
      summary(out.mr, threshold=3)
      plot(out.mr) # 

     sink()
     dev.off()
    }

Answer 1

我没有尝试你的例子，但我可以看到你在这里有错误：

...
      sink(paste(file="bristleX trait",i".txt"))
      pdf(paste(file = "brixtleX trait",i".pdf", paper="special",width = 8.5, 
...

粘贴没有文件参数。你可能想要：

...
      sink(file=paste("bristleX trait",i".txt"))
      pdf(file = paste("brixtleX trait",i".pdf", paper="special",width = 8.5, 
...

Answer 2

你在过去的功能中有错，你可以使用

paste("bristleXtrait",i,".txt")

而不是

paste("bristleXtrait",i".txt")

此外，您必须重新设置文件名中的空格。你可以使用str_replace_all()函数

sink(file = str_replace_all(paste("bristleX trait",i,".txt"), pattern=" ", repl=""))

自动生成pdf和txt文件的名称

2 个答案: