Question

我正在使用PCA模型（使用FactoMineR库）减少测试DataFrame（包含30和750 colunm）的维度，如下所示：

pca_base <- PCA(test, ncp=5, graph=T)

我使用函数dimdesc（）[在FactoMineR]中进行维度描述使用给定的主成分识别最显着相关的变量如下：

pca_dim<-dimdesc(pca_base)

pca_dim是3长度的列表。

我的问题是如何从列表[1]和列表[2]中提取pca_dim的行名称。

我试试这段代码：

#to select dim 1,2 use axes
pca_dim<-dimdesc(pca_base,axes = c(1,2))

rownames(pca_dim[[1]])

但结果是NULL。

暂时，我将使用来自factoextra包的演示数据集decathlon2：data（decathlon2）它包含由13个变量描述的27个人（运动员）。

library(factoextra)
data(decathlon2)


decathlon2.active <- decathlon2[1:23, 1:10]
res.pca <- PCA(decathlon2.active,scale.unit = TRUE, graph = FALSE)

res.desc <- dimdesc(res.pca, axes = c(1,2))

谢谢！

Answer 1

当遇到这类问题时，要访问R对象的信息，解决它们的最佳方法是首先检查函数str的输出。

str(pca_dim)
#List of 2
# $ Dim.1:List of 1
#  ..$ quanti: num [1:8, 1:2] 0.794 0.743 0.734 0.61 0.428 ...
#  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
#  .. .. ..$ : chr [1:8] "Long.jump" "Discus" "Shot.put" "High.jump" ...
#  .. .. ..$ : chr [1:2] "correlation" "p.value"
# $ Dim.2:List of 1
#  ..$ quanti: num [1:3, 1:2] 8.07e-01 7.84e-01 -4.65e-01 3.21e-06 9.38e-06 ...
#  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
#  .. .. ..$ : chr [1:3] "Pole.vault" "X1500m" "High.jump"
#  .. .. ..$ : chr [1:2] "correlation" "p.value"

因此对象的结构很简单，它是两个列表的列表。这些子列表中的每一个都只有一个成员，即设置了dimnames属性的矩阵因此，您可以使用标准访问器函数来获取这些属性。

rownames(pca_dim$Dim.1$quanti)
#[1] "Long.jump"    "Discus"       "Shot.put"     "High.jump"    "Javeline"    
#[6] "X400m"        "X110m.hurdle" "X100m"

rownames(pca_dim$Dim.2$quanti)
#[1] "Pole.vault" "X1500m"     "High.jump"

Answer 2

您必须为每个元素移动dimdesc的结果为data.frame，如下所示：

rownames(data.frame(res.desc[1]))
[1] "Long.jump"    "Discus"       "Shot.put"     "High.jump"    "Javeline"     "X400m"        "X110m.hurdle"
[8] "X100m"       
> rownames(data.frame(res.desc[2]))
[1] "Pole.vault" "X1500m"     "High.jump"

PCA实施后如何提取行名？

2 个答案: