R - 我的bedgraph寿司情节中没有出现高峰

Question

我使用了以下代码： `库（＆＃39;寿司＆＃39）

# Import dataset to R
chrom = "chr3"
chromstart = 189349216
chromend = 189615068
# Plot bedgragh 
plotBedgraph(Test_bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= 
SushiColors(5))
# Label genome 
labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb")
# Label y axis
mtext("Read depth",side=2,line=3,cex=1,font=2)
axis(side=2,las=2,tcl=.2)`

绘制来自UCSC的CHIP-seq数据，但不显示峰值。为了排除所使用的数据类型（broadpeak，narrowpeak），如果它特定于所查看的区域，我已经在其他区域导入了不同的峰值数据，它仍然最终绘制没有山峰。以下我原始区域的示例（没有峰值）：

上面使用的代码直接来自＆＃39; Sushi＆＃39;包文档。如何修复此问题，以便我可以制作这样的图（带峰值）：

Answer 1

我遇到了同样的问题，并按如下方式解决了该问题：

确保您的基准图文件可以被R / RStudio读取

  

A <-read.delim（“ Test.begraph”）   头（A）

     

输出应如下所示（以矩阵的形式！），并将特定于您的床位图，即用于chr3）

     

chrom chromstart chromend值   1个chr12 3025780 3025963 0.5   2个chr12 3098218 3098548 0.5   3 hr12 3188951 3189233 0.5   4 hr12 3209257 3209490 0.5   5个chr12 3210230 3210483 0.5   6 chr12 3235648 3235987 0.5

     

然后尝试以下代码：

     

plotBedgraph（A，chrom，chr​​omstart，chromend，transparency = .50，flip = FALSE，color =“ blue”，linecol =“ blue”）

“ flip = FALSE”是我一直使用的，因为我在同一张图上绘制了两个DNA结合蛋白的底图文件！这将是可选的，但是如果您也决定在同一图上绘制两个因子的ChIPseq数据以进行比较，则将需要它并重新缩放第二个图以匹配第一个图。重新缩放代码显示在下面的链接中的“用法”下： https://rdrr.io/bioc/Sushi/src/R/plotBedgraph.R

希望有帮助！