解决方案

Question

我正在创建一个用cmake构建的C库，使用Mac OS进行开发。在CMakeList.txt中，我有以下

#htslib
find_package(htslib REQUIRED)
include_directories(${HTSLIB_INCLUDE_DIR})


target_link_libraries(projectname ${HTSlib_LIBRARIES})

在cmake ..

之后输出

Found hstlib

但是，在make时，我收到了链接器错误：

clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)

所以...它可以找到库，并且库肯定与sudo make install一起安装，但是只有这个库存在链接错误。

（1）我猜测find_package(htslib REQUIRED)正在寻找别的东西。我怎么知道什么？

（2）如何在CMakeList.txt中明确写入以找到我知道已正确安装的库？

Answer 1

使用VERBOSE=1 make查看链接器输出。搜索-lhtslib
阅读特定Find<LIB>.cmake。

您的具体问题：

＆＃34;如何找到CMake找到的内容＆＃34;：使用cmake-gui或ccmake。它们都显示相同的信息，但一个是GUI，另一个是Curses接口。在高级模式（＆＃34; t＆＃34;在ccmake上），您将找到搜索到的包的所有变量。此外，您可以使用MESSAGE(STATUS "Found htslib at: ${htslib_LIBRARIES}")。
＆＃34;如何在库中明确写入CMakeLists.txt？＆＃34;请不要这样做！ CMake旨在完全抽象出这类信息。您有两个选项，首先是好的选项：在命令行（或上面提到的GUI）中配置cmake以获取CMAKE_MODULES_PATH或更具体的提示到库-D htslib_PATH=/usr/local/.../（指向目录） libhts.dylib所在的地方。更糟糕的解决方案是向find_package提供一个提示。 find_package(htslib REQUIRED PATH /usr/local/lib)或find_package(htslib REQUIRED HINT /usr/local/lib /some/second/path/where/it/may/be)。

解决方案

您的关联项目包含自定义FindHTSlib.cmake link。这个使用pkg_config来配置库。要复制您的问题，我使用 brew 来安装htslib。可以在brew info htslib下找到pkg-config文件（对我来说，/usr/local/Cellar/htslib/1.8/lib/htslib.pc告诉你）。所以，让我们给CMake提供必要的提示。

我无法对此进行测试，因为对我而言，它直接找到了htslib包而没有进一步的提示。

git clone https://github.com/D-Lo/bamdb # I am using version f5f03d0
mkdir -p bamdb/build; cd bamdb/build
brew install ck htslib lmdb
cmake ..  # -G Ninja recommended, but needs brew install ninja
make # lot's of missing symbols

我建议将CMakeLists.txt最低要求的CMake版本从2.8更改为3.10（或至少3.6）。

这是我得到的错误：

[ 62%] Linking C shared library libbamdb.dylib
/usr/local/Cellar/cmake/3.11.1/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/libbamdb.dir/link.txt --verbose=1
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/cc -Wall -g -std=gnu99 -fPIC -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names  -o libbamdb.dylib -install_name @rpath/libbamdb.dylib CMakeFiles/libbamdb.dir/src/bam_api.c.o CMakeFiles/libbamdb.dir/src/bam_lmdb.c.o CMakeFiles/libbamdb.dir/src/bamdb.c.o
Undefined symbols for architecture x86_64:
  "_bam_destroy1", referenced from:
      _get_bam_row in bam_api.c.o
      _deserialize_func in bam_lmdb.c.o

可以通过在行CMakeLists.txt之后的add_library(libbamdb ${SOURCES})中添加以下行来解决此问题：

target_link_libraries(libbamdb ${LIBS})

进一步说明：您现在拥有一个具有main功能的库。这是因为${SOURCES}用于构建可执行文件和库。这会产生意想不到的副作用。除非需要，否则不要这样做。

如何修改CMakeList.txt：找到的库，但是有链接错误

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