Question

以下是我的代码的一小部分：

library(biomaRt)

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                      filters = "biotype", 
                      values = "protein_coding", 
                      mart = ensembl_hsapiens)

paralogues[["hsapiens"]] <- getBM(attributes = c("external_gene_name",
                                                 "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = c(ensembl_gene_ID) , mart = ensembl_hsapiens)

这段代码只允许我提取hsapiens的旁系同源物，有一种方法可以让我轻松获得mmusculus（鼠标）和ggallus（鸡）的相同信息，而无需使用类似的东西重写代码Tapply？我的代码比提供的代码长得多，我需要做的就是将单词hsapiens换成mmusulus和ggallus。

Answer 1

简单的方法是将它全部包装在for循环中：

library(biomaRt)

species <- c("hsapiens_gene_ensembl", "mmusculus_gene_ensembl", "ggallus_gene_ensembl")

for (s in species) {
tmp <- useMart("ensembl", dataset = paste0(s))
hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                          filters = "biotype", 
                          values = "protein_coding", 
                          mart = tmp)
paralogues[[s]] <- getBM(attributes = c("external_gene_name",
                                                 "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = c(ensembl_gene_ID) , mart = tmp)
}

这应该可行，我没有测试过，因为我没有安装这些软件包。我已经改变了一些变量的名称以使其更有意义（例如tmp）

BioMart：有没有办法轻松改变我所有代码的物种？

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