是否可以使用snakemake为每个shell规则添加块

Question

我正在使用snakemake来构建工作流程，我想在运行工作流程时是否可以在每个规则的'shell'指令中添加块？

例如，我在snakefile中有这些规则：

rule rule1:
  input:...
  output:...
  shell:"rule1command"

rule rule2:
  input:...
  output:...
  shell:"rule2command"

当我运行工作流时，我想在执行每个shell命令时添加一个默认块，例如： 我想定义一个默认的前缀块："hostname; echo 'good luck''"，然后在执行rule1command和rule2command时，它应该首先输出主机名并回显“祝你好运”。

这可能吗？

Answer 1

好的，我终于找到了FAQ部分中的snakemake文档中的解决方案：

You can set a prefix that will prepended to all shell commands by adding e.g.

shell.prefix("set -o pipefail; ")

Answer 2

你可以使用字符串连接：

prefix_block = """
    hostname
    echo 'good luck'
    """

rule rule1:
  input:...
  output:...
  shell: prefix_block + "rule1command"

rule rule2:
  input:...
  output:...
  shell: prefix_block + "rule2command"