Question

嘿所有人。我正在尝试将一个执行程序（称为pdb2gmx）的简单bash脚本转换为C命令，这样我就可以将它作为一个函数包含在一个更大的程序中，但是我遇到了一些麻烦。

bash脚本：

#!/bin/sh
/usr/local/gromacs/bin/pdb2gmx -f ${1}.pdb -o ${1}.gro -p ${1}.top << EOF
14
6

所以当运行程序时，它会停止并在两个不同的点上一个接一个地请求用户输入。在bash脚本中，仅仅放下14和6似乎满足了输入要求，但我似乎无法在C中完成相同的技巧（另外，我不确定EOF在那里做什么，我'我只是跟随其他人的例子，如果没有它，脚本将无法工作）。

这是我到目前为止在C：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main() {
    FILE * pdb2gmx;
    pdb2gmx = popen( "pdb2gmx -f 1BEO.pdb -o 1BEO.gro -p 1BEO.top" , "w" );
    fprintf( pdb2gmx, "EOF" );
    fprintf( pdb2gmx, "14" );
    fprintf( pdb2gmx, "6" );
    pclose( pdb2gmx );
}

但是当执行此代码时，pdb2gmx只会在需要用户输入的第一个点挂起。那我错过了什么？

我的感觉是C程序本身也挂在popen行的执行上，而且从未到达fprintf行，但我认为popen模式设置到"w"你可以像处理用户输入那样处理返回的流，所以我很困惑。

Answer 1

您可能需要在这些\n字符串的末尾添加一些换行符（fprintf）...

Answer 2

你检查了pdb2gmx的值 - 是否正确设置了路径，以便程序找到pdb2gmx可执行文件？

您可能还想在fprintf（）

之后调用fflush（）

如何将执行命令从bash脚本转换为C？或者如何在“W”模式下正确使用popen（）？

2 个答案: