Question

在this tutorial中，有一个命令pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")。但有人告诉我

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127

我已经在我的电脑上安装了pymol。我可以问一下如何向R添加另一个搜索路径吗？

现在我认为pymol是bio3d中的子包。但我已经安装了bio3d，其他命令可以正常工作（例如pdb <- read.pdb()）。但为什么pymol命令不起作用？

我试过

> .libPaths("path/to/pymol2/")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL/PyMOLWin.exe")

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127 

> PyMOLWin.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error: could not find function "PyMOLWin.dccm"

所以.libPaths没有返回错误。但pymol.dccm和PyMOLWin.dccm无效。

我还尝试在pymol

中安装R个包

> install.packages("pymol")
Warning in install.packages :
  package ‘pymol’ is not available (for R version 3.2.2)

Answer 1

教程命令本身有一个错误。 dccm的正确语法是

// ...
arrayPosY.push_back(item->y());
if(QGraphicsSimpleTextItem* text_item = qgraphicsitem_cast<QGraphicsSimpleTextItem *>(item)){
    arrayAnnotation.push_back(text_item->text());
}

在您系统上的“ PYMOL”程序中pymol(cij, pdb, type="launch",exefile="C:/Program Files/pymol")的位置（即“ PYMOL”的调用方式）。如果为NULL，则使用依赖于操作系统的默认程序路径。

Answer 2

.libPaths("path/to/package/library")可能会做你需要的。

.libPaths获取/设置查找包的库树。

使用包名称而不是包目录本身设置目录的父目录的路径。

如何向R添加搜索路径？

2 个答案: