我正在尝试自动化从R Markdown文件生成PDF的过程。我可以从终端运行以下命令,它可以工作:
Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("/path/to/file.Rmd", "pdf_document")'
但是在Automator中使用与shell脚本相同的命令给了我一个错误,即Rscript是一个未知的命令。我通过指定它应该查找Rscript的位置来修复它,然后通过指定pandoc的位置来确定需要pandoc的另一个错误,但是它给了我一个关于需要xelatex的错误,我已经安装了,但我无法弄清楚如何告诉Automator哪里可以找到xelatex。这是我正在尝试运行的脚本:
/usr/local/bin/Rscript -e 'library(rmarkdown);
Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc");
rmarkdown::render("/path/to/file.Rmd", "pdf_document")'
以下是错误消息:
pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted
xelatex位于/usr/local/texlive/2017/bin/x86_64-darwin
我正在运行MacOS 10.13.3,R版本3.4.3和Automator版本2.8。任何帮助将不胜感激!