Question

我使用以下方法在R中创建了一个相关矩阵：

melt(df_corr) -> df_corr_melted

然后我用以下方法融化了矩阵：

Var1 Var2 value
A    B    .1
A    C     .2
A    A     1
B    A     .1
B    C     .4
B    B     1
C    A     .2
C    B     .4
C    C     1

得到：

str

我想删除还原剂对。例如，我只需要corr（A，C）而不是corr（C，A）。我仔细阅读了dplyr中的过滤命令，但由于行组合实际上是唯一的，因此这些都不是真正的重复。有什么建议？

Answer 1

在融化之前你可以做到：

data.frame(Var1=t(combn(colnames(df_corr),2)),Var2=df_corr[lower.tri(df_corr)])

Answer 2

以下是使用combn和apply函数的方法：

c_names <- combn(names(dat), 2)

cors <- apply(c_names, 2, FUN = function(x) cor(dat[x[1]], dat[x[2]]))

cbind.data.frame(t(c_names), cors)

   1  2       cors
1 aa bb  0.5776151
2 aa cc -0.4059593
3 bb cc -0.5673487

数据

set.seed(123)
dat <- data.frame(aa = rnorm(10),
                  bb = rnorm(10),
                  cc = rnorm(10))

Answer 3

您可以一次性完成此操作，方法是使用replace设置对角线，将矩阵的上三角或下三角设置为NA，然后只设置melt(..., na.rm = TRUE)：

演示：

library(reshape2)
melt(replace(df_corr, lower.tri(df_corr, TRUE), NA), na.rm = TRUE)
#   Var1 Var2      value
# 4   aa   bb  0.5776151
# 7   aa   cc -0.4059593
# 8   bb   cc -0.5673487

示例数据：

set.seed(123)
df_corr <- cor(data.frame(aa = rnorm(10), bb = rnorm(10), cc = rnorm(10)), use = "p")

R中的熔解相关矩阵

3 个答案:

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