Question

我想用ggplot2绘制数据并使用ggpubr添加p值。但是，绘制的p值与我用compare_means()或t.test()计算的p值不匹配。

这是我的数据：

Group <- rep(c('A'), each=12)
Drug <- rep(c('x','y'), each= 6)
RC <- c(13076,  10814,  14297,  13119,  13616,  5, 19671,   18318,  12058,  17624,  9565,   13689)
mydf <- as.data.frame(cbind(Group,Drug,RC))
mydf$RC <- as.numeric(as.character(mydf$RC))

这是情节的代码：

library(ggplot2)
library(ggpubr)
ggplot(mydf, aes(x=factor(Group),y=log10(RC)))+
geom_boxplot(aes(color=Drug))+stat_compare_means(aes(group = Drug), method = "t.test", label = "p.format")

显示的p.value为p = 0.32。但是，当我使用其他方法计算p.value时，我得到这个~0.149

compare_means(RC~Drug,data=mydf, method = "t.test")

t.test(RC~Drug,data=mydf, exact= FALSE)

类似的问题已被解决here，但在这种情况下compare_means()，与stat_compare_means()和t.test()相比，给出了另一个结果。我确保拥有最新版本的ggpubr（ggpubr_0.1.6.999）。

我错过了什么？

Answer 1

您正在对日志值进行测试：

t.test(log10(RC) ~ Drug, data = mydf, exact = FALSE)
# 0.3237

stat_compare_means（）给出与compare_means（）或t.test（）不同的p.value

1 个答案: