Question

我目前正在使用库（methylKit）来分析甲基化数据，作为此过程的一部分，我正在执行层次聚类和PCA来可视化我的数据。我想导出两者的图，但是当我尝试使用pdf（）保存图时，文件被创建，但文件只有~380字节，并且无法通过Mac中的预览打开。我的代码如下：

对于分层聚类：

clustermap1 <- clusterSamples(meth,dist="correlation",method="ward",plot=TRUE)
pdf(file="ClusterMapCorrWard.pdf")
plot(clustermap1)
dev.off()

对于PCA Screeplot

pdf(file="PPCAScreeplot.pdf")
xx <- barplot(project.pca.proportionvariances, 
              cex.names = 1,
              xlab = paste("Principal component (PC), 1-",length(project.pca$sdev)),
              ylab = "Proportion of variation (%)",
              main = "Scree plot", 
              ylim = c(0,20)
              )
text(xx, y = project.pca.proportionvariances, 
         label = round(project.pca.proportionvariances,2), 
         pos = 3, 
         cex = 0.8)
dev.off()

对于PCA Pairs Plots

par(cex=1.0, cex.axis=0.8, cex.main=0.8)
pdf(file="PCAPairsplot1-6.pdf")
pairs(project.pca$x[,1:6], 
      col = "black", 
      main = "Principal components analysis bi-plot\nPCs 1-6", 
      pch = 16, 
      panel = function(x,...) { 
              text(project.pca$x, labels=minids, cex= 0.5, pos=3) 
              } 
      )
dev.off()

对于PCA Biplots

pdf(file="PCABiplotsPC1-2.pdf")
plot(project.pca$x, 
     type = "n", 
     main = "Principal components analysis bi-plot", 
     xlab = paste("PC1, ", round(project.pca.proportionvariances[1], 2), "%"),
     ylab = paste("PC2, ", round(project.pca.proportionvariances[2], 2), "%"))
points(project.pca$x, col="black", pch=16, cex=1)
text(project.pca$x, labels=ids, cex= 0.7, pos=3)
dev.off()

我觉得令人困惑的是，此代码以前工作过，并成功输出了相应的图。但是，当我尝试在另一个数据集（相同类型和格式）上使用它时，它停止工作，现在也无法处理原始数据集。使用png（）也可以输出图。

那我哪里出错了？

由于

Plot（）将保存为pdf（），但文件已损坏，并且似乎没有写入实际数据

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