R igraph中的绘图功能

Question

我使用igraph R来显示化合物。在这种方法中，节点对应于原子，边缘对应于原子之间的键。这种代表的化学分子被称为分子图或H耗尽图。例如，代表2-甲基丁烷，简称2mb，（碳骨架由五个原子组成的简单有机分子）我使用以下R代码：

.then(onFulfilled).catch(onRejected)

为了可视化这个分子图，我使用以下矩阵作为布局m：

molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)

此矩阵包含图形顶点的坐标。然后我绘制这个图：

m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE). 

我得到了图形，其中顶点2和5之间的几何距离大于v1和v2，v2和v3之间的几何距离以及v3和v4。

我的问题是：如何强制igraph R绘制所有几何距离相等的图形？

Answer 1

这样做的主要技巧是设置参数rescale=FALSE并调整xlim。单独这样做会使节点非常小，所以我也需要调整节点大小。我想这就是你要找的东西。

library(igraph)

## Your graph
molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)
m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE)

## Modified plot
plot(molecular.graph.2mb, layout=m, rescale=FALSE,
    vertex.size=30, xlim=c(0.5,4.5))