Question

目标：我可以使用网址在我的YAML前端内为我的文档指定csl，我希望能够为此做出相同的操作bibliography元素。

问题：这可能吗？

动机：使用这些元素的网址，而不是指向我工作目录中文件的直接链接，通过合并公开提供的.csl和{来增强文档呈现工作流程的可重复性{1}}文件在更新时也很容易同步到一个中心位置（警告：只要重现器具有互联网连接）。

次优选择：替代方案可能是将.bib和.bib文件包含在工作目录中，以确保它们与项目捆绑在一起。然后他们也可以离线使用。这种方法有两个缺点：

这将导致我的计算机上的.csl和.bib文件的许多副本（我有一个要呈现的文档的每个项目的副本）
.csl文件是通过引用管理器自动生成的，因此无法在不中断引用管理器和.bib文件之间的同步的情况下将其放入多个位置（针对不同的项目）。

演示：

以下是使用.bib元素的网址（ecology.csl文件直接来自官方Citation Style Language GitHub存储库的工作示例：

reprex_library.bib

csl

reprex_paper_bib-direct_csl-link.Rmd

@Misc{Chang2015,
  Title                    = {shiny: Web Application Framework for R. R package version 0.12.1},

  Author                   = {Chang, W. and Cheng, J. and Allaire, JJ. and Xie, Y. and McPherson, J. },
  Year                     = {2015},

  Type                     = {Computer Program},
  Url                      = {http://CRAN.R-project.org/package=shiny}
}


@Article{RCoreTeam,
  Title                    = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
  Author                   = {{R Core Team}},
  Year                     = {2015},

  Type                     = {Journal Article},
  Url                      = {http://www.R-project.org}
}

使用此输出成功：

---
title: 'My Title'
author: "Me me me me!"
output: pdf_document
bibliography: reprex_library.bib
csl: https://raw.githubusercontent.com/citation-style-language/styles/master/ecology.csl
---

Application written in the R programming language [@RCoreTeam] using the Shiny framework [@Chang2015].

# REFERENCES

Image of successfully rendered pdf with URL to .csl file

这是一个非工作示例，尝试使用公共网络链接填充processing file: reprex_paper_bib-direct_csl-direct.Rmd |.................................................................| 100% ordinary text without R code /usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS reprex_paper_bib-direct_csl-direct.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output reprex_paper_bib-direct_csl-direct.tex --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' --filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc output file: reprex_paper_bib-direct_csl-direct.knit.md Output created: reprex_paper_bib-direct_csl-direct.pdf元素，该链接指向我Dropbox中的同一个reprex_library.bib文件：

reprex_paper_bib-link_csl-link.Rmd

bibliography

这打破了这个输出：

---
title: 'My Title'
author: "Me me me me!"
output: html_document
bibliography: https://dl.dropboxusercontent.com/s/3e601ma7ji9iu9z/reprex_library.bib
csl: https://raw.githubusercontent.com/citation-style-language/styles/master/ecology.csl
---

Application written in the R programming language [@RCoreTeam] using the Shiny framework [@Chang2015].

# REFERENCES

这是我的|.................................................................| 100% ordinary text without R code /usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS reprex_paper_bib-link_csl-link.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output reprex_paper_bib-link_csl-link.tex --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' --filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc processing file: reprex_paper_bib-link_csl-link.Rmd output file: reprex_paper_bib-link_csl-link.knit.md Could not find bibliography file: https://dl.dropboxusercontent.com/s/3e601ma7ji9iu9z/reprex_library.bib Error running filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc: Filter returned error status 1 Error: pandoc document conversion failed with error 83 Execution halted会话信息：

我不知道这是一个错误或预期的行为。如果是有意的话，我不确定为什么。任何帮助将不胜感激！

修改：

从进一步的阅读中，也许这是> sessionInfo() R version 3.4.2 (2017-09-28) Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit) Running under: macOS High Sierra 10.13.2 Matrix products: default BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib locale: [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] compiler_3.4.2 backports_1.1.2 magrittr_1.5 rsconnect_0.8.5 rprojroot_1.3-2 [6] htmltools_0.3.6 tools_3.4.2 rticles_0.4.1 yaml_2.1.16 Rcpp_0.12.13 [11] stringi_1.1.5 rmarkdown_1.8.7 knitr_1.18 stringr_1.2.0 digest_0.6.14 [16] evaluate_0.10.1的预期行为，使用pandoc-citeproc

从pandoc-citeproc手册中，似乎有意允许--filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc YAML元素成为“CSL样式文件的路径或URL”，而csl元素只能是“要使用的参考书目文件的路径或YAML路径列表”。

我已将pandoc和pandoc-citeproc标记添加到此问题中，以防它与工作流的这些部分相关。

Answer 1

似乎可以在代码块中下载文件。我将示例文档放在Untitled.Rmd中，然后运行它：

---
title: 'My Title'
author: "Me me me me!"
output: html_document
bibliography: Untitled_files/reprex.bib
csl: https://raw.githubusercontent.com/citation-style-language/styles/master/ecology.csl
---

Application written in the R programming language [@RCoreTeam] using the Shiny framework [@Chang2015].

```{r}
dir.create("Untitled_files")
download.file("https://dl.dropboxusercontent.com/s/3e601ma7ji9iu9z/reprex_library.bib", "Untitled_files/reprex.bib")
```

# REFERENCES

目录名Untitled_files对于Untitled.Rmd来说是不可思议的：对于foo.Rmd，foo_files是一个将在编织后清理的目录。在knitr可能会创建它的情况下，然后我的dir.create会导致警告，但在这个简单的示例中这是必要的。

如何在RMarkdown文档中使用参考书目YAML元素的URL？

1 个答案: