用颜色表示R中的距离测量

Question

我有一个物种丰度的数据框，其中包括来自多个地理参考点的样本。我使用基于距离的方法来表示物种组成的相似性，例如：

sample <- c(1:5)
lon <- c(9,22,31,20,12)
lat <- c(20,22,30,48,53)
sp1 <- c(5,6,14,25,30)
sp2 <- c(0,0,0,3,4)
sp3 <- c(17,12,7,2,2)
sp4 <- c(1,0,2,0,1)
d <- data.frame(sample, lon, lat, sp1, sp2, sp3, sp4)

library(vegan)
library(ggplot2)
library(Rmisc)

dist <- vegdist(d[,4:7], method="euclidean")
PCoA <- as.data.frame(scores(cmdscale(dist)))

co <- ggplot(d, aes(x=lon, y=lat)) + geom_point() + ggtitle("Coordinates") + theme_bw() + geom_text(label=sample, hjust = 0, nudge_x = 0.5)
pc <- ggplot(PCoA, aes(x=Dim1, y=Dim2)) + geom_point() + ggtitle("PCoA Euclidean") + theme_bw() + geom_text(label=sample, hjust = 0, nudge_x = 0.5)

m <- matrix(1:2, byrow=T, nrow=1)
multiplot(co, pc, layout=m)

我想用坐标制作一个scaterplot，但是使用颜色来表示排序分数（即它的第1和第2轴）或至少表示距离度量（欧几里得或其他）并生成此结果： result I want

我尝试将颜色苍白联系起来，但我不知道如何为二维颜色空间（即基于我的PCoA排序）做到这一点。 有人知道怎么做吗？

Answer 1

您可以使用colorplaner库(see here)：

library(colorplaner)
gg_data <- cbind(d[, c("sample","lon","lat")], PCoA[,c("Dim1","Dim2")])


ggplot(gg_data, aes(x = lon, y = lat, color = Dim1, color2 = Dim2)) + 
  geom_point() + 
  scale_color_colorplane()  + 
  ggtitle("Coordinates") + 
  theme_bw() + 
  geom_text(label=sample, hjust = 0, nudge_x = 0.5)

这给出了：