Question

我的代码如下，它给我一个SimpleITK错误

"ERROR: The file in the series have unsupported 3 dimensions."

打印路径的结果是

['C:/DataLuna16pred\\subset0\\1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.100225287222365663678666836860.mhd'];

如何正确使用？

import os
import pandas as pd
import glob
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
df = pd.read_csv("C:/DataLuna16pred/CSVFILES/candidates89.csv")
for idx in df.index:
    seriesuid=df.seriesuid[idx]
    path= 'C:/DataLuna16pred/*/'
    path = glob.glob(path+seriesuid+'.mhd')
    ds = sitk.ReadImage(path)

Answer 1

sitk.ReadImage有两个签名，第一个是sitk.ImageFileReader的接口，它接受一个字符串作为文件名。这是为了阅读单个图像。

通过传递列表调用的第二个是sitk.ImageSeriesReader，它使用数组或文件名列表将图像连接到一个卷中。此版本仅获取2D图像列表以形成3D图像。您的参数path是一个python列表。

我不清楚你对glob的意图是什么。是获得一个文件名吗？还是多个？

您可能需要检查len(path)以及是否是一次通过路径[0]到sitk.ReadImage

如何为glob.glob添加路径+文件

1 个答案: