Question

我试图通过Cygwin安装bedtools v2.27.0。以下是我尝试过的命令：

$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.27.0/bedtools-2.27.0.tar.gz
$ tar -zxvf bedtools-2.27.0.tar.gz
$ cd bedtools2
$ make

运行最后一个命令时，出现以下错误：

*fatal error: zlib.h: No such file or directory  
*#include <zlib.h>*  
^  
compilation terminated.  
make[1]: *** [Makefile:37: ../../../obj//FileRecordMgr.o] Error 1  
make: *** [Makefile:187: src/utils/FileRecordTools] Error 2*

我尝试使用以下命令下载libz包：

$ apt-cyg install libz-dev

但它没有用。我收到以下错误：

Unable to locate package libz-dev

请注意，我在Windows（64位计算机）上使用Cygwin终端。非常感谢您的帮助。

Answer 1

要使用cygwin setup安装软件包，或者在使用apt-cyg之前至少找到正确的软件包名称

查找包含zlib.h标头的包：

$ cygcheck -p include/zlib.h
Found 10 matches for include/zlib.h
...
zlib-devel-1.2.11-1 - zlib-devel: gzip de/compression library (development)
..

因此您需要安装zlib-devel

通过cygwin命令安装bedtools时出错：致命错误：zlib.h：没有这样的文件或目录

1 个答案: