我开始使用mothur版本 - v.1.36.1-，但我收到了一些错误消息（如下所示）。我怎么能克服这个？

Question

我启动了Mothur教程（https://www.mothur.org/wiki/MiSeq_SOP）。但是从一开始，当我在mothur *中创建“make.file”时，我收到了一些错误消息（错误命令如下所示）。我更改了参数但结果是否定的。我该如何解决这个问题？

****mothur > make.file(inputdir=MiSeq_SOP, type=fastq, prefix=stability)
Setting input directory to: MiSeq_SOP/
prefix is not a valid parameter.
The valid parameters are: type, seed, inputdir, and outputdir.
[ERROR]: did not complete make.file.****

Answer 1

实际上，prefix 参数是 a valid parameter in mothur。就我个人而言，我从未遇到过为 make.file 命令使用前缀的问题，但您的命令应该是有效的。

您可以测试您的 inputdir 是否正确指定（mothur 错误和警告消息不一定是最清楚的）。如果这也有效，我建议您详细记录此行为并send it to the mothur team（根据我的经验，他们非常敏感并乐于提供帮助）。