在dask.array和gil lock中循环

时间:2017-12-23 18:11:42

标签: python dask

GIL锁定是否会显着降低以下代码的性能?

每个块上的函数使用python循环而不是numpy函数。由于外部库,我必须使用python循环。

测试代码:

import numpy as np
import dask.array as da
import dask.sharedict as sharedict
from itertools import product


def block_func(block):
    for i in range(len(block)):  # <--- the python loop ...
        block[i] += 1
    return block


def darr_func(x, name='test'):
    dsk = {}
    for idx in product(*map(range, x.numblocks)):
        dsk[(name,) + idx] = (block_func, (x.name,) + idx)
    dsk2 = sharedict.merge((name, dsk), x.dask)
    return da.Array(dsk2, name, x.chunks, x.dtype)


def main():
    n = 1000
    chunks = 100
    arr = np.arange(n*n).reshape(n, n)
    darr = da.from_array(arr, chunks=chunks)
    result = darr_func(darr)
    print(result.compute())


main()

如果是这种情况,可以为调度程序设置上下文帮助吗? 如何在dask数组上设置函数的上下文?我想在dask数组上使用默认的dask调度程序进行其他操作。

从wiki中,我看到了为计算而不是函数设置调度程序的方法:

# As a context manager
>>> with dask.set_options(get=dask.multiprocessing.get):
...     x.sum().compute()

# Set globally
>>> dask.set_options(get=dask.multiprocessing.get)
>>> x.sum().compute()

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

Python for循环不会释放GIL,因此难以与线程并行化。在这种情况下,您有几个选项

  1. 使用像Numba或Cython这样的项目来编写释放GIL的循环代码
  2. 使用将计算拆分为多个进程的调度程序。我个人的建议是在本地使用dask.distributed调度程序,这可以通过运行以下两行来完成:

    from dask.distributed import Client
    client = Client()
    
  3. 然而,与往常一样,您应该分析您的代码并尝试一些事情。上面给出的建议取决于许多因素。例如,如果循环体释放GIL,则Python for循环可能不是问题。