我有一个矩阵，用于描述群组中的对象。
n <- 6 # number of objects
group <- matrix(c(1,2,1,4,1,3,6,3,5,3,NA,NA,2,NA,2,NA,NA,6,NA,6,NA,NA,NA,NA,4,NA,NA,NA,NA,5),5,6)
colnames(group) <- colnames(group, do.NULL = FALSE, prefix = "obj.")
rownames(group) <- rownames(group, do.NULL = FALSE, prefix = "step.")
group # an n-1 by n matrix
# obj.1 obj.2 obj.3 obj.4 obj.5 obj.6
# step.1 1 3 NA NA NA NA
# step.2 2 6 NA NA NA NA
# step.3 1 3 2 6 NA NA
# step.4 4 5 NA NA NA NA
# step.5 1 3 2 6 4 5
我想在步骤中创建一个包含聚类的矩阵。此矩阵等于 hclust 函数中返回的对象合并。
merge <- matrix(c(-1, -2, 1, -4, 3, -3, -6, 2, -5, 4), 5, 2)
merge
# [,1] [,2]
# [1,] -1 -3
# [2,] -2 -6
# [3,] 1 2
# [4,] -4 -5
# [5,] 3 4
merge是一个n-1乘2矩阵。合并的第i行描述了在聚类的步骤i处的聚类的合并。如果行中的元素j为负，则在此阶段合并观察-j。如果j为正，则合并与在算法的（较早的）阶段j处形成的聚类一起。因此，合并中的否定条目表示单例的聚集，而正条目表示非单一的聚集。
我找不到简单的解决方案。这有什么功能吗？
答案 0 :(得分：0)
基本上你有一组组（每行一组）......
group
# obj.1 obj.2 obj.3 obj.4 obj.5 obj.6
# step.1 1 3 NA NA NA NA
# step.2 2 6 NA NA NA NA
# step.3 1 3 2 6 NA NA
# step.4 4 5 NA NA NA NA
# step.5 1 3 2 6 4 5
...并且您想知道合并了哪两个前一行以形成当前行。
我首先创建一个矩阵，指示每个对象是否在特定行中：
(hasObs <- sapply(seq_len(ncol(group)), function(i) rowSums(!is.na(group) & group == i)))
# [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
# step.1 1 0 1 0 0 0
# step.2 0 1 0 0 0 1
# step.3 1 1 1 0 0 1
# step.4 0 0 0 1 1 0
# step.5 1 1 1 1 1 1
我会用它来创建一个矩阵，其中每个元素（i，j）表示j出现的最近一行（在i之前）（如果没有这样的前一行，则表示-j）：
(prevObs <- sapply(seq_len(ncol(hasObs)), function(i) {
pos <- which(head(hasObs, -1)[,i] == 1)
rep(c(-i, pos), diff(c(0, pos, nrow(hasObs))))
}))
# [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
# -1 -2 -3 -4 -5 -6
# step.1 1 -2 1 -4 -5 -6
# step.1 1 2 1 -4 -5 2
# step.3 3 3 3 -4 -5 3
# step.3 3 3 3 4 4 3
现在很容易确定合并哪些行以生成当前行：
t(apply(hasObs*prevObs, 1, function(x) unique(x[x != 0])))
# [,1] [,2]
# step.1 -1 -3
# step.2 -2 -6
# step.3 1 2
# step.4 -4 -5
# step.5 3 4
第一行组合单个元素1和3，下一个组合单个元素2和6，第三行组合前两个组，第四个组合单个元素4和5，第五行组合来自行3和4。