基于熊猫群内日期的高效转换?

时间:2017-12-11 14:56:18

标签: python performance pandas dataframe memory-efficient

我有一个数据框df

df = pd.DataFrame({'id1':[1,1,1,1,1,4,4,4,6,6],
                     'id2':[45,45,33,33,33,1,1,1,34,34],
                     'vals':[0.1,0.2,0.6,0.1,0.15,0.34,0.12,0.5,0.4,0.45],
                     'date':pd.to_datetime(['2017-01-01','2017-01-02','2017-01-01',
                                            '2017-04-01','2017-04-02','2017-01-01',
                                            '2017-01-02','2017-01-03','2017-01-04',
                                            '2017-01-05'])})

我想根据每组id1id2 的时间创建滞后期限。例如,t_1将是前一天的值。 t_2将是前两天的价值。如果两天前没有价值,我希望它是nan。这将是上述数据帧的输出:

    date        id1 id2 vals    t_1   t_2
0   2017-01-01  1   33  0.60    NaN   NaN
1   2017-04-01  1   33  0.10    NaN   NaN
2   2017-04-02  1   33  0.15    0.10  NaN
0   2017-01-01  1   45  0.10    NaN   NaN
1   2017-01-02  1   45  0.20    0.10  NaN
0   2017-01-01  4   1   0.34    NaN   NaN
1   2017-01-02  4   1   0.12    0.34  NaN
2   2017-01-03  4   1   0.50    0.12  0.34
0   2017-01-04  6   34  0.40    NaN   NaN
1   2017-01-05  6   34  0.45    0.40  NaN

我可以通过使用下面的代码来实现这一点,但对于大量的群体来说效率非常低 - 即如果我有{x 1}}和id1的10000 x 500个唯一组合,那么几天每个数据,我想要2个滞后项,需要时间。

id2

有更有效的方法吗?

4 个答案:

答案 0 :(得分:4)

通过组合使用unstack分配组并将其移位以避免使用apply,从而获得极大的加速。

def compute_shift(df):
  df['group_no'] = df.groupby(['id1','id2']).ngroup()
  tmp = df[['date','vals','group_no']].set_index(['group_no','date'])\
                                      .unstack('group_no')\
                                      .resample('D').asfreq()
  tmp1 = tmp.shift(1).stack('group_no')['vals'].rename('t_1')
  tmp2 = tmp.shift(2).stack('group_no')['vals'].rename('t_2')

  df = df.join(tmp1, on=['date','group_no'])
  df = df.join(tmp2, on=['date','group_no'])
  return df

compute_shift(df)
date  id1  id2  vals  group_no   t_1   t_2
0 2017-01-01    1   45  0.10         1   NaN   NaN
1 2017-01-02    1   45  0.20         1  0.10   NaN
2 2017-01-01    1   33  0.60         0   NaN   NaN
3 2017-04-01    1   33  0.10         0   NaN   NaN
4 2017-04-02    1   33  0.15         0  0.10   NaN
5 2017-01-01    4    1  0.34         2   NaN   NaN
6 2017-01-02    4    1  0.12         2  0.34   NaN
7 2017-01-03    4    1  0.50         2  0.12  0.34
8 2017-01-04    6   34  0.40         3   NaN   NaN
9 2017-01-05    6   34  0.45         3  0.40   NaN

为了比较性能,我创建了一个合理大小的假数据集:

df = pd.DataFrame({'date':np.random.randint(1, 1000, 10**6), 
                   'id1':np.random.randint(1, 100, 10**6),
                   'id2':np.random.randint(1, 100, 10**6),
                   'vals':np.random.random(10**6)})
df = df.drop_duplicates(subset=['date','id1','id2'], keep='last')
df = df.sort_values('date')
dates = pd.date_range('20150101','20180101').to_series().reset_index(drop=True)
df['date'] = df['date'].map(dates)

如果我们将性能与温和斯科特的解决方案进行比较:

%timeit df.groupby(['id1','id2'],sort=False).apply(lambda x : x['vals'].shift()*((x['date'] -  pd.to_timedelta(1, unit='d')).isin(x['date'].tolist())).replace(False,np.nan))
824 ms ± 19.3 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1 loop each)

%timeit df.groupby(['id1','id2'], as_index=False)\
   .apply(lambda x: x.assign(t_1=x.vals.resample('D').asfreq().shift(1),\
                             t_2=x.vals.resample('D').asfreq().shift(2)))
1.38 s ± 25.3 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1 loop each)

%timeit compute_shift(df)
96.4 ms ± 2.14 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)

如果您的DataFrame不是那么大,我可能更喜欢Scott Bostons解决方案,因为它感觉更干净但是如果运行时是一个问题,那么unstack + shift + join会更快。

编辑:添加了重新采样以填补缺失的日期。

答案 1 :(得分:2)

使用apply ...

SHIFT1

df.groupby(['id1','id2'],sort=False).apply(lambda x : x['vals'].shift()*((x['date'] -  pd.to_timedelta(1, unit='d')).isin(x['date'].tolist())).replace(False,np.nan))
Out[775]: 
id1  id2   
1    45   0     NaN
          1    0.10
     33   2     NaN
          3     NaN
          4    0.10
4    1    5     NaN
          6    0.34
          7    0.12
6    34   8     NaN
          9    0.40
dtype: float64

SHIFT2

df.groupby(['id1','id2'],sort=False).apply(lambda x : x['vals'].shift(2)*((x['date'] -  pd.to_timedelta(2, unit='d')).isin(x['date'].tolist())).replace(False,np.nan))
Out[776]: 
id1  id2   
1    45   0     NaN
          1     NaN
     33   2     NaN
          3     NaN
          4     NaN
4    1    5     NaN
          6     NaN
          7    0.34
6    34   8     NaN
          9     NaN
dtype: float64

答案 2 :(得分:2)

您可以使用set_indexresampleshift尝试此操作:

df1 = df.set_index('date')
df1.groupby(['id1','id2'], as_index=False)\
   .apply(lambda x: x.assign(t_1=x.vals.resample('D').asfreq().shift(1),
                             t_2=x.vals.resample('D').asfreq().shift(2)))

输出:

              id1  id2  vals   t_1   t_2
  date                                  
0 2017-01-01    1   33  0.60   NaN   NaN
  2017-04-01    1   33  0.10   NaN   NaN
  2017-04-02    1   33  0.15  0.10   NaN
1 2017-01-01    1   45  0.10   NaN   NaN
  2017-01-02    1   45  0.20  0.10   NaN
2 2017-01-01    4    1  0.34   NaN   NaN
  2017-01-02    4    1  0.12  0.34   NaN
  2017-01-03    4    1  0.50  0.12  0.34
3 2017-01-04    6   34  0.40   NaN   NaN
  2017-01-05    6   34  0.45  0.40   NaN

答案 3 :(得分:0)

您可以尝试多索引和合并

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