MPI：将每个实例固定到每个节点上的某些核心

Question

我想用OpenMPI 2.11执行我的程序的几个实例。每个实例都在我的集群上自己的节点（-N 1）上运行。这很好用。我现在想将每个程序实例固定到其节点的前2个核心。为此，看起来我需要使用rankfiles。这是我的rankfile：

rank 0=+n0 slot=0-1 
rank 1=+n1 slot=0-1

在我看来，这应该将每个程序实例限制为它运行的本地计算机的核心0和1。 我像这样执行mpirun：

mpirun -np 2 -N 1 -rf /my/rank/file my_program

但是mpirun在没有执行我的程序的情况下失败并出现此错误：

Conflicting directives for mapping policy are causing the policy
to be redefined:

  New policy:   RANK_FILE
  Prior policy:  UNKNOWN

Please check that only one policy is defined.

这是什么？我在rankfile中犯了错误吗？

Answer 1

不使用rankfile，只需使用hostfile：

n0 slots=n max_slots=n
n1 slots=n max_slots=n

然后告诉Open MPI使用以下方法为每个节点映射一个进程，每个进程有两个核心：

mpiexec --hostfile hostfile --map-by ppr:1:node:PE=2 --bind-to core ...

ppr:1:node:PE=2读作：每个资源1 进程;资源类型是节点;每个进程2个处理元素。您可以通过添加--report-bindings选项来检查实际绑定。