如何使用R中的spatstat在点模式（ppp）中将物种绘制为不同的颜色？

Question

设置如下：森林中20 x 20 m样方内有10棵树。对于每棵树，我们使用x，y坐标知道物种，直径（以cm为单位）和样方内的位置。

我想绘制样方中的树，其中点的大小是按比例缩放的，每个物种都用不同的颜色圆圈表示。

使用此数据作为示例：

tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))

species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")

diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)

x <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)

y <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)

df <- data.frame(tag, species, diameter, x, y)

首先我创建点模式

species_map <- ppp(df$x, df$y, c(0,20), c(0,20))

然后我标记物种和直径

marks(species_map) <- data.frame(m1 = df$species, m2=(df$diameter))

现在我可以绘制点图案，并且由于直径上的标记，每个点都可以缩放。 “markscale”位设置为0.01，因为diamter测量值以cm为单位，quadrat尺寸以米为单位定义。

plot(species_map, which.marks=2, markscale=.01)

现在我想让不同种类的圈子变成不同的颜色，但这就是我被困住的地方。

如果我尝试制作包含我的两个标记的图，我只得到2个单独的图，其中一个使用不同大小的点来表示直径（正确），一个使用不同的字符来表示不同的物种。

plot(species_map, which.marks= c(1,2), markscale=.01)

如何使用相同字符的不同颜色来表示不同物种的情节，同时还要绘制按比例绘制的点？

我怎样才能让它产生一个单一的情节？

提前谢谢。

杰

Answer 1

奇怪的是，我无法想到一个非常优雅的方式来做到这一点。我的 最好的办法是按物种将数据分成不同的点模式 并循环通过物种和情节。这对你来说够了吗？

library(spatstat)
tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")
diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)
x <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)
y <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)
df <- data.frame(tag, species, diameter, x, y)
species_map <- ppp(df$x, df$y, c(0,20), c(0,20))
marks(species_map) <- data.frame(m1 = df$species, m2=(df$diameter))

您需要选择四种颜色并固定相同的直径范围 每个情节和做循环（argumet bg传递给symbols和 用这种颜色填充圆圈的背景：

diamrange <- range(diameter)
cols <- c("black", "red", "green", "blue")
species_map_split <- split(species_map, reduce = TRUE)
plot(species_map_split[[1]], markrange = diamrange, markscale=.01,
     main = "", cols = cols[1], bg = cols[1])
#> Warning: Interpretation of arguments maxsize and markscale has changed (in
#> spatstat version 1.37-0 and later). Size of a circle is now measured by its
#> diameter.
for(i in 2:4){
  plot(species_map_split[[i]], markrange = diamrange, markscale=.01,
       add = TRUE, col = cols[i], bg = cols[i])
}

Answer 2

spatstat尚未实现多列标记的符号映射。所以你需要像Ege所做的那样做。