Question

我想使用RMySQL包来查询数据库。我通常在我的mac终端中输入ssh website.com，然后在R脚本中使用dbConnect()和dbGetQuery()。

我的数据库位于防火墙后面，只能在本地访问，据我所知，需要进入ssh。

是否可以在R中完成整个过程？

我已经尝试system('ssh website.com'))但没有成功

由于

Answer 1

是的，您可以在R中完成整个过程，如下所示：

library(RMySQL)

## Making connection to your MySQL db
con <- dbConnect(MySQL(),
     user="user id", password="your password",
     dbname="my_db", 
     host="localhost", ## if db is hosted locally else enter your server address instead of localhost
     port = 3306  ## Check your port for MySQL
     )

### if your db is hosted on server then you enter ip address of server in host
## your query
rs = dbSendQuery(con, "select * from some_table")

## fetching data from the query
data = fetch(rs, n=-1)

另外，请浏览一些有用的博客以获取更多信息：

博客1：https://www.r-bloggers.com/accessing-mysql-through-r/
博客2：https://www.r-bloggers.com/mysql-and-r/

Answer 2

您需要在系统和ssh服务器之间建立一个前向端口。

将以下内容添加到~/.ssh/config文件中：

Host mysql-tunnel-website.com
  LocalForward 3306 localhost:3306

我强烈建议使用SSH密钥。 Github's SSH key guide非常好。我不是R编码员，但R可能不喜欢在system()调用中交互式输入密码的需要和SSH密钥（当无密码或添加到ssh-agent时）消除了这种需要。

现在你应该能够在R中启动隧道：

system('ssh -f mysql-tunnel-website.com')

这会将website.com的localhost端口3306映射到端口3306上的ssh客户端本地主机，允许您在ssh客户端系统上运行与远程网站上相同的代码。 com系统。

您的R代码需要指向host=localhost和port=3306（这应该是默认值）。

如果远程SQL服务器不是由website.com的本地主机端口3306提供服务，只需将localhost:3306更改为相对于可从中访问的server:port组合的3306组合。 website.com。如果您无法在ssh客户端系统上使用端口3306（也许您在本地运行MySQL？），您可以通过将第一个13306更改为任何其他端口来转发到其他端口（我倾向于为port=13306之类的数字添加前缀，然后确保在R代码中指定备用端口（例如response_url）。

SSH连接到R中的MySQL数据库

2 个答案: