Question

如果在其他地方已经涵盖了这一点，请提前道歉，但我找不到简单的解决方案。

我的数据是这样安排的（这些代表变异的位置或 SNP ）：

现在我想计算不同位置的这些SNP的密度，即位置 83929 周围的SNP数量是多少？

我想做类似于rollapply的事情，在那里我可以计算出可以找到多少个SNP +/- 50 [即83879-83979范围]（和+/- 100和+/- 500等）。

非常感谢任何帮助。

编辑：试图澄清SNP

Answer 1

这是一次尝试，让z为具有SNP位置的载体。

window <- 50
lapply(z, function(x){
  m <- x + window #window max
  n <- x - window #window min
  seq = n:m #all positions from min to max
  return(length(z[z%in%seq])) #number of snp found in seq
  })

使用R中的滚动窗口计算所有位置的密度

1 个答案: