ggplot2：如何根据第三列

Question

我有这个表（下面），我已经转换为从长到长，我想要绘制＆＃34; logFPKM＆＃34;对于每个＆＃34;样本＆＃34;按＆＃34; gene_id＆＃34;分组使用ggplot2（geom_bar）。另外，我希望相应地将标准错误（＆＃34; se＆＃34;）与每个样本-logFPKM相匹配。这是我桌子的负责人：

gene_id        sample logFPKM            se
PCBA_RS20130   CW     2.82138999505533   0.0510157917418624
PCBA_RS20130   CW     2.82138999505533   0.0614430466292
PCBA_RS20130   CW     2.82138999505533   0.15767922584651
PCBA_RS20130   W24    3.30091961220465   0.0510157917418624
PCBA_RS20130   W24    3.30091961220465   0.0614430466292
PCBA_RS20130   W24    3.30091961220465   0.15767922584651
PCBA_RS20130   W72    3.03503118006935   0.0510157917418624
PCBA_RS20130   W72    3.03503118006935   0.0614430466292
PCBA_RS20130   W72    3.03503118006935   0.15767922584651
PCBA_RS20135   CW     6.9229217846409    0.00450698521094983
PCBA_RS20135   CW     6.9229217846409    0.0224906710108503
PCBA_RS20135   CW     6.9229217846409    0.0917704536947984
PCBA_RS20135   W24    6.84058248620209   0.00450698521094983
PCBA_RS20135   W24    6.84058248620209   0.0224906710108503
PCBA_RS20135   W24    6.84058248620209   0.091770453694798
PCBA_RS20135   W72    5.95705243892052   0.00450698521094983
PCBA_RS20135   W72    5.95705243892052   0.0224906710108503
PCBA_RS20135   W72    5.95705243892052   0.0917704536947984

现在（下面）的代码成功地获取了sample（x）列中每个类（CW，W24，W72）的logFPKM（y）值。然而，＆＃34; se＆＃34;对于每个logFPKM条，值被绘制三次。而且我在尝试制作＆＃34; logFPKM＆＃34;和＆＃34; se＆＃34; ＆＃39;一起走＆＃39;与示例类。如何关联＆＃34; se＆＃34;每个＆＃34;样本的值＃34;类（CW，W24，W72）正确到每个logFPKM？

ggplot(both_long, aes(x=sample,y=logFPKM,fill=factor(gene_id), ymax=logFPKM+se, ymin=logFPKM-se)) +
  geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") +
  geom_errorbar(position = "dodge") 

这里是ggplot2输出的样子：

Output

以及这里的输入：

dput(both_long)

  

结构（列表（V1 =结构（c（1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，
1L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L） ，2L）,. Label = c（＆＃34; PCBA_RS20130＆＃34;，＆＃34; PCBA_RS20135＆＃34;），class =＆＃34; factor＆＃34;），V2 =结构（c（ 1L，1L，
1L，2L，2L，2L，3L，3L，3L，1L，1L，1L，2L，2L，2L，3L，3L，3L
）,. Label = c（ ＆＃34; CW＆＃34;，＆＃34; W24＆＃34;，＆＃34; W72＆＃34;），class =＆＃34; factor＆＃34;），V3 = c（2.82138999505533，
2.82138999505533，2.82138999505533，3.30091961220465，3.30091961220465，3.30091961220465
，3.03503118006935，3.03503118006935，3.03503118006935，
6.9229217846409，6.9229217846409，6.9229217846409，6.84058248620209，6.84058248620209
，6.84058248620209，5.95705243892052，5.95705243892052，5.95705243892052
） ，V4 = c（0.0510157917418624,0.0614430466292，

0.15767922584651,0.0510157917418624,0.0614430466292,0.15767922584651，

0.0510157917418624,0.0614430466292,0.15767922584651,0.00450698521094983,
0.022490671010505,0.0917704536797984,0.00450698 521094983，
0.0224906710108503,0.0917704536947984,0.00450698521094983，
0.0224906710108503,0.0917704510947984））,. Name = c（＆＃34; V1＆＃34;，＆＃34; V2＆＃34;，&& ＃34; V3＆＃34;，＆＃34; V4＆＃34;），class =＆＃34; data.frame＆＃34;，row.names = c（NA，-18L））

谢谢大家 干杯

Answer 1

正如已经评论过的，在您的数据中，每个样本和具有不同se的基因有三个相同的logFPKM值。因此，您可以尝试使用交互独立地绘制每个值，例如：

library(tidyverse)
both_long %>% 
  group_by(gene_id, sample) %>% 
  mutate(sample2=interaction(1:n(),sample)) %>% 
  ggplot(aes(x=sample2,y=logFPKM,fill=factor(gene_id), ymax=logFPKM+se, ymin=logFPKM-se)) +
  geom_col(position = "dodge") +
  geom_errorbar(position = "dodge")