Question

R包MCMCpack通过MCMClogit提供贝叶斯逻辑回归。如果verbose=TRUE，此函数会打印MCMC（Metropolis-Hastings）算法的接受率，但它似乎不会在mcmc对象中返回它。有没有办法在对象中访问此信息？

测试用途：

    library(MCMCpack)
    set.seed(12345) 
    n = 1000 
    x = rnorm(n) 
    y = rbinom(n,1,1/(1+exp(-(1 + x))))
    m = MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                         tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE)

打印的接受率为0.45533，但我在names(m)返回NULL或names(attributes(m))返回

中找不到此信息

[1] "dim"      "mcpar"    "class"    "dimnames" "title"    "y"        "call"

帮助文件建议coda包允许从mcmc个对象中提取信息（请参阅coda），但会搜索“接受”字样。在pdf中不会产生任何结果。

Answer 1

这是一个黑客......但仍然是一个解决方案：

output = capture.output(MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                                  tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE))

library(stringr)
library(dplyr)

output %>%
  paste0(collapse = "") %>%
  str_extract("\\d+[.]\\d+(?=[@])") %>%
  as.numeric()

# [1] "0.45533"

这使用capture.output将MCMClogit中控件中打印的内容作为字符串存储在变量中，然后使用正则表达式提取接受率。正则表达式相对容易的原因是接受率被@包围。

OP提出了一个很好的观点，即使用这种方法，MCMClogit必须运行两次，如果模型需要很长时间才能运行，这是不可取的。可以做的一件事是使用<<-（可能很危险），并将模型分配到全局环境中的m：

output = capture.output(m <<- MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                                        tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE))

这样，模型对象将存储在m中，控制台输出将同时存储在output中。

另请注意，<<-实际上在父环境中分配变量。在这种情况下，只有一个函数，父环境是全局环境。但是，在存在嵌套函数的情况下，父环境将位于嵌套上方一级，因此应使用assign代替：

output = capture.output(assign("m", MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                                              tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE),
                               envir = globalenv()))

Answer 2

如果您不喜欢capture.output的行为，则可以改为使用sink，但仍会返回结果，但会将控制台输出重定向到文件中。

sink(file="test.txt")
m <- MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
               tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE)
sink()

out <- readLines("test.txt")
grep( "acceptance rate for beta was", out, value=T)
# [1] "The Metropolis acceptance rate for beta was 0.45533"

class(m)
# [1] "mcmc"

无需assign或<<-。

如果您想将其作为数值，则可以按如下方式提取它。

ar <- grep( "acceptance rate for beta was", out, value=T)
ar <- as.numeric( gsub("^.* was (.*)", "\\1", ar) )
ar
# [1] 0.45533

有没有办法保存MCMClogit使用的MCMC算法的接受率？

2 个答案: