Question

是否有某种方法可以为sbatch配置另一个默认目录（当前目录除外），以便在{{slurm-%j.out时放置它生成的文件slurm-%A_%a.out（或-o） 1}}未指定？

我的目标是提供方便/低维护的方式

将sbatch生成的所有默认输出文件合并到一个位置;和
避免使用此类文件混乱当前目录。

我原本希望找到类似SLURM_DEFAULT_OUTPUT_DIRECTORY环境变量的东西来处理这个问题，但如果有这样的变量，我就会错过它。

是否有其他机制可以达到预期效果？

（FWIW，我所追求的功能唯一的先例是Emacs的backup-directory-alist，它告诉Emacs默认放置它生成的备份文件。这个功能比我更复杂之后，因为它支持多个这样的目录，根据原始文件名中的模式使用。）

Answer 1

您可以使用以下内容编辑批处理脚本中输出的路径：

#SBATCH -o ./Report/output.%a.out#STDOUT

这会将输出文件放在批处理脚本旁边的“Report”文件夹中。

Answer 2

另一种选择是使用Job Submit Plugin。

您可以在C或LUA中编写这样的插件，因此它会强制输出文件（默认基本名称，但在您的情况下是您自己的目录），如果尚未由脚本设置，也不是命令行。

Answer 3

下面的 .sh 文件会将 slurm 输出 .out 文件保存在

"/home/YOUR_USER/lustre/PROJECT/output/%j.out"

其中 %j 是正在运行的作业的作业 ID，如 here 所述。

因此，在上面提到的输出目录中，您会发现类似以下内容：

399937.out

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=JOB_ID_NAME
#SBATCH --time=4-00:00          # adjust this to match the walltime of your job
#SBATCH --cpus-per-task=28      # adjust this if you are using parallel commands
#SBATCH --mem=1000              # adjust this according to the memory requirement per node you need
#SBATCH --mail-user=YOUR-EMAIL  # adjust this to match your email address
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=/home/YOUR_USER/lustre/PROJECT/output/%j.out

Answer 4

我遇到了同样的问题，我的解决方案是将提交脚本复制到为输出指定的目录中。然后我运行了位于输出目录中的脚本。打算与SLURM一起提交的代码目录可以通过环境变量动态地传递给作业脚本。在执行代码之前，代码目录也可以设置为工作目录。我希望有人觉得这个解决方案很有帮助。

是否可以为sbatch的默认输出文件配置目录？

4 个答案: