Question

我正在使用R（不是RStudio）3.3.3在Mac0S10.10.5的R光栅包中处理地理参考图像。使用GUI将工作区保存到xxx.RData文件后，我关闭会话重启R（在启动时不读取历史文件），然后使用GUI再次加载工作区。当我输入ls（）时，会出现所有对象（包括我加载的原始全局栅格以及使用crop（）创建的子集）。但是，当我绘制栅格时，只绘制原始的非裁剪图像。裁剪的子集没有绘制，而是我得到以下错误：

>Error in file(fn, "rb") : cannot open the connection
    >In addition: Warning message:
    >In file(fn, "rb") :
    cannot open file          '/private/var/folders/8y/6924gdvx3jg6k2rz5yrzwz100000gr/T/Rtmpc0b3TY/raster/r_tm   p_2017-09-25_180525_90510_17665.gri': No such file or directory

尝试隔离此问题，我制作了一个2x2栅格数据集，然后制作了1x1的子集。这两个栅格对象都可以恢复，并且可以使用plot（）查看。所以，我无法使用这些简单的数据集重现问题。所以问题似乎与原始的大文件有关，而且我已经裁剪了它。此外，如果我重新创建裁剪（＆＃34; newfile＆lt; - crop（oldfile，extentObject）＆＃34;），我可以创建一个可查看的栅格数据集。但是，再次，如果我尝试保存此工作区并在以后恢复它，我又回到无法绘制它。如果我执行writeRaster（），我可以成功写入文件，退出R，然后重新导入该文件。因此，问题似乎仅限于将整个工作空间保存为＆＃34; xxx.RData＆＃34;文件。

library(raster)
    library(sp)
    library(rgdal)
    fullraster <- raster("raster.tif")
    cropraster <- crop(fullraster,extentobject)
    toyraster <- raster(as.matrix(cbind(c(1,2),c(3,4))))
    toyrastersub <- crop(toyraster, extent(c(0,.5,0,.5)))
    plot (fullraster) # works
    plot (cropraster) # works
    plot (toyraster) # works
    plot (toyrastersub) #works
    writeRaster(cropraster,"croprasterout")
    # Perform Save workspace as... 
    # Exit R
    #open R without reading history file
    # Load Workspace File...
    library(raster)
    library(sp)
    library(rgdal)
    reloadedraster <- raster("croprasterout")
    croprasteragain <- crop(fullraster,extentobject)
    plot (fullraster) #works
    plot (reloadedraster) #works
    plot (toyraster) # works
    plot (toyrastersub) #works
    plot (croprasteragain) # works
    plot (cropraster) # produces error in block quotes above.

我尝试使用默认工作区文件保存重新安装R，重新加载对象，但这些措施都没有解决问题。我也无法在Stackoverflow或Internet上的其他地方找到解决方案。

一个有希望的线索是，当我打印出来＆＃34; str（cropraster）＆＃34;从Load Workspace恢复但不可绘制，它与重新创建的工作区域略有不同＆＃34; str（croprasteragain）＆＃34;我粘贴了以下不同的输出：

str(cropraster)
    > .. .. ..@ name        : chr        >"/private/var/folders/8y/6924gdvx3jg6k2rz5yrzwz100000gr/T/Rtmpc0b3TY/raster/r_t  mp_2017-09-25_180525_90510_17665.grd"

    >  .. .. ..@ datanotation: chr "INT2S"

    >  .. .. ..@ byteorder   : Named chr "little"

    >  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "value"

    >  .. .. ..@ nodatavalue : num -32768


    str(croprasteragain)
    >   .. .. ..@ name        : chr "/QGISWork/Chelsa1.2/IntegerBioclim/crapdir/junk.rasterout.grd"

    > .. .. ..@ datanotation: chr "FLT8S"

    > .. .. ..@ byteorder   : Named chr "little"

    >  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "value"

    >  .. .. ..@ nodatavalue : num -1.7e+308

感谢您的帮助！

Answer 1

使用library(raster)创建栅格时，栅格中包含的数据很可能会保存在临时文件夹中（如果足够小，则保存在RAM中）。但是数据不会保存在R会话中。保存在R会话中的唯一信息是元数据以及RAM或磁盘上的数据位置因此，在保存和恢复会话时，获取栅格数据的唯一方法是确保栅格与关闭会话之前的位置相同。如果您没有将光栅及其数据保存在已知位置，则会在下一个会话中丢失它这就是你第二次测试的原因：

plot（fullraster）#works：它在＆＃34; raster.tif＆＃34;
plot（reloadedraster）#works：它读取磁盘上的数据＆＃34; croprasterout＆＃34;
plot（croprasteragain）＃works：crop在会话中完成，但数据保存在临时文件中。
plot（cropraster）＃在上面的块引号中产生错误：它尝试读取上一个会话的临时文件中的数据，该数据在会话关闭时已被删除。

因此，如果您希望能够重复使用以前的栅格对象，则需要使用writeRaster并阅读它，就像使用reloadedraster一样。保存栅格时尝试使用文件扩展名：.grd是library(raster)的默认值。

Answer 2

我已经找到了对另一个问题（Issue using saveRDS() with raster objects）的回复，这帮助我找到了一个解决我的问题的方法，这些问题看起来是我所知道的最实用的问题。 @RobertH对该问题的回答表明，添加readAll（栅格）将确保将值保存到.RData内存中。这似乎非常令人满意：

    fullraster <- raster("raster.tif")
    cropraster.readall <- readAll(crop(fullraster,cropbox2))
    #save and close R session.
    #delete raster.tif file in OS.
    Reopen and restore R session
    plot(fullraster) #doesn’t work, presumably b/c raster.tif deleted.
    plot(cropraster.readall) #WORKS!

使用writeRaster单独保存文件也可以工作（正如@StatnMap友好建议和解释）。出于我的目的，我发现该解决方案不太受欢迎，因为在R会话中似乎需要特别注意以单独保存每个必需的光栅文件。

无法使用加载工作区文件完全还原某些R栅格对象

2 个答案: