yml文件中的命令不具有标准输出功能

时间:2017-09-12 14:44:19

标签: bash

我在A文件中有一个命令行abc.yml,例如:

- #Determine Sum Total Size of Regions in a BED File                                                                                                                                      
    cmd: "{bedtools} genomecov -i {capture} -g {chrsize} -max 1 >{out_dir}{ID}.insert.size"

{}中的所有文件都已预定义,命令等同于B

/usr/bin/bedtools genomecov -i ./Data/cl1_Freedman_w_capture_targets.bed \
-g ./Code/Roche_QC/data/chormosome_sizes.txt \
-max 1 >./Code/Roche_QC/tmp/AD-S3_S3/AD-S3_S3.insert.size

但是我能够在终端中运行B命令,但是当我在abc.yml文件中执行命令行时,它显示错误为:

*****ERROR: Unrecognized parameter: >./Code/Roche_QC/tmp/AD-S1_S1/AD-S1_S1.insert.size *****

我的问题是为什么标准输出命令>在命令A中无法识别。

0 个答案:

没有答案