我在A
文件中有一个命令行abc.yml
,例如:
- #Determine Sum Total Size of Regions in a BED File
cmd: "{bedtools} genomecov -i {capture} -g {chrsize} -max 1 >{out_dir}{ID}.insert.size"
{}中的所有文件都已预定义,命令等同于B
:
/usr/bin/bedtools genomecov -i ./Data/cl1_Freedman_w_capture_targets.bed \
-g ./Code/Roche_QC/data/chormosome_sizes.txt \
-max 1 >./Code/Roche_QC/tmp/AD-S3_S3/AD-S3_S3.insert.size
但是我能够在终端中运行B
命令,但是当我在abc.yml
文件中执行命令行时,它显示错误为:
*****ERROR: Unrecognized parameter: >./Code/Roche_QC/tmp/AD-S1_S1/AD-S1_S1.insert.size *****
我的问题是为什么标准输出命令>
在命令A
中无法识别。