Question

在查看this post后，我尝试使用Rcpp对矩阵进行子集。

使用RcppArmadillo：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include "RcppArmadillo.h"
// [[Rcpp::export]]
arma::mat submatrix(const arma::mat& m1in, int fromin, int toin){
  arma::mat s1 = m1in.cols(fromin-1,toin-1);
  return(s1);
}

然后submatrix(M, 1, 900)比M[,1:900]快一点。

使用RcppGSL：

#include <RcppGSL.h>
#include <gsl/gsl_matrix.h>
// [[Rcpp::export]]
gsl_matrix_const_view submatrix(const RcppGSL::Matrix & X, int k1, int k2, int n1, int n2) {
  return gsl_matrix_const_submatrix(X, k1, k2, n1, n2);
}

此处submatrix(M, 0, 0, 1000, 900)慢于M[,1:900]：

> microbenchmark(M[,1:900], submatrix(M, 0, 0, 1000, 900))
Unit: milliseconds
                          expr       min       lq     mean   median       uq      max neval
                    M[, 1:900]  8.035749 10.20265 13.25657 11.75554 14.27586 117.2533   100
 submatrix(M, 0, 0, 1000, 900) 16.597605 19.55858 23.04454 21.52959 23.98431 141.6158   100

是否有更快的方法使用RcppGSL

对矩阵进行子集化？

Answer 1

我认为原因是您的矩阵不是通过引用传递的（可能是因为R矩阵和GSL矩阵不兼容）。

为证明我的观点，请测试一下：

// [[Rcpp::depends(RcppGSL)]]
#include <RcppGSL.h>
#include <gsl/gsl_matrix.h>

// [[Rcpp::export]]
gsl_matrix_const_view submatrix(RcppGSL::Matrix & X, int k1, int k2, int n1, int n2) {
  X(0, 0) = 1;
  return gsl_matrix_const_submatrix(X, k1, k2, n1, n2);
}

/*** R
M <- matrix(0, 1000, 1000)
test <- submatrix(M, 0, 0, 1000, 900)
M[1, 1]
*/

如果我是正确的，每次使用RcppGSL时都会遇到同样的问题。也许存在一个矩阵的Map视图（比如在Eigen中）而不是&（我不知道GSL）。

使用RcppGSL快速对矩阵进行子集化

1 个答案: