Question

我正在跑到一个“怪异的”“如果那么”的问题（或者我只是一个新手）。或者，我不完全理解指定语句的语义。

我想要做的是通过下面的表格（csv）阅读

/home/trotos/I16_1505_09.fastq.gz,34,hg19
/home/trotos/I16_1505_06.fastq.gz,34,hg19
/home/trotos/I16_1505_12.fastq.gz,40,hg19
/home/trotos/I15_1277_01.fastq.gz,42,gg5
/home/trotos/I15_1458_01.fastq.gz,42,gg5
/home/trotos/I15_1314_01.fastq.gz,36,gg5
/home/trotos/I15_1458_03.fastq.gz,36,gg5

然后使用每列的输入（按顺序）执行多个命令。我正在使用的脚本（尚未完善），其中file是statedcsv

#!/bin/bash

shopt -s nullglob


file="$3"
human="$1"
mouse="$2"

while IFS=, read col1 col2 col3 ; do  # the file need to be loaded at the end of the loop, check a done
    echo $col1
    echo $col2
    echo $col3

for i in $col1; do

if [$col3="hg19"]
    then
       ref_genome=$human
echo "1"
echo $ref_genome
    else
        ref_genome=$mouse
echo "2"
echo $ref_genome

fi
echo $ref_genome
echo "....."

done
done < $file

命令如下

./test '/home/trotos/Downloads/chromosomes/hg19.fa' '/home/trotos/Downloads/chromosomes/gg5.fa.gz' 'csv_file'

正确的做法是读取文件的列，并从循环中每行的列中获取所需的数据。

但是当我使用第三列（hg19或gg5）作为TRUE或FALSE语句来获得不同的条件时：

如果hg19为TRUE，那么'hg19.fa'是正确的

如果gg5为TRUE，那么'gg5.fa.gz'是正确的   但脚本的输出不同：

LOOP
/home/trotos/lane2_I15_1458_08.fastq.gz
42
**gg5**
/home/trotos/lane2_I15_1458_08.fastq.gz
/home/trotos/lane2_I15_1458_08.fastq
/home/trotos/lane2_I15_1458_08

....
1
**/home/trotos/Downloads/chromosomes/hg19.fa**
.....
END LOOP

第一个问题是，当col3 == hg19时，它会给出正确的输出，即“/home/trotos/Downloads/chromosomes_hg19/hg19.fa”。但是当col3 == gg5时，我仍然得到相同的“/home/trotos/Downloads/chromosomes_hg19/hg19.fa”。 那么我能得到正确的答案？ 第二个是如何使用“if then else”语句来获取与第3列对应的特定文件，并使用在以下定义的循环中使用该信息：

 for i in $col1; do.

提前谢谢你。我希望我的描述不会让你感到困惑。

bash中的另一个If-else-then语句

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